第二、河患加剧了社会动荡不安。
自从河患发生以来，河泛区的饥民和流民纷纷起来反抗，有的劫夺商旅，有的打击官府，所在有司无可奈何。全国各地不断爆发起义;至正四年七月，山东私盐贩郭火你赤起义，活动于鲁、晋、豫一带;六年六月，福建汀州连城县罗天麟、陈积万起义，湖南爆发吴天保领导的瑶民起义;七年十月，全国发生起义达二百余起;八年春，台州黄岩(今属浙江)盐贩方国珍起兵反元;同年三月，辽东锁火奴和辽阳兀颜鲁欢分别自称“大金子孙”，起兵反元;九年，冀宁(今山西太原)平遥等县有曹七七起义;十年，江西铅山、真州(今江苏仪征)、泰州(今属江苏)均有农民起义。
第三、统治集团内部矛盾尖锐。
脱脱去相后，以右丞相别儿怯不花为首的一派与脱脱父子有旧怨，别儿怯不花、左丞相太平、御史大夫韩嘉纳、右丞秃满迭儿等10 人，结为兄弟，曾弹劾马札儿台，使之远徙甘州。康里人哈麻与弟雪雪，因其母为宁宗的乳母，兄弟俩充宿卫士，为妥欢贴睦尔所宠幸。脱脱为相时，哈麻官任同知枢密院事，对脱脱百般趋附。脱脱去相后，遭到别儿怯不花等攻击，哈麻在妥欢贴睦尔处竭力为之辩护。至正九年，太平、韩嘉纳支持御史斡勒海寿列哈麻罪行劾奏，妥欢贴睦尔不得已夺哈麻、雪雪官职，而太平、韩嘉纳、斡勒海寿等均被贬官。未几，脱脱复为右丞相，为报答哈麻辩护之功，对太平等人进一步打击报复，使太平谪居陕西，别儿怯不花谪居般阳，韩嘉纳以赃罪杖流奴儿干致死，秃满迭儿出为四川右丞，途中被杀。脱脱重新召用哈府，从此埋下了杀身之祸。
至于官贪吏污、纪纲废弛、赋役不均等，已是积重难返的社会现象，脱脱复相后根本顾不上去治理这些问题。当务之急是解决财政危机和治理黄河。
解决财政危机最快的办法是变更钞法。因为从至元后期以来，纸币发行猛增，不断贬值，以后历代大量印钞，到至正年间形成了巨大的压力，再加上伪钞横行，钞法已经败坏不堪。至正十年四月，左司都事武琪建议变钞，吏部尚书偰哲笃支持变钞，并提出了以纸币一贯文省权铜钱一千文为母，而钱为子的方案。脱脱会集中书省、枢密院、御史台及集贤、翰林两院官，进一步商议。会上进行了激烈的争论，集贤大学士兼国子祭酒吕思诚反对最坚决，但遭到了压制，脱脱终于下决心实行变钞。妥欢贴睦尔批准了中书省的变钞方案，下诏曰：朕闻帝王之治，因时制宜，损益之方，在乎通变。惟我世祖皇帝，建元之初，颁行中统交钞，以钱为文，虽鼓铸之规未遑，而钱币兼行之意已具。厥后印造至元宝钞，以一当五，名曰子母相权，而钱实未用。历岁滋久，钞法偏虚，物价腾踊，奸伪日萌，民用匮乏。爱询廷臣，博采舆论，佥谓拯弊必合更张，其以中统交钞壹贯文省权铜钱一千文，准至元宝钞二贯，仍铸至正通宝钱与历代铜钱并用，以实钞法。至元宝钞，通行如故。子母相权，新旧相济，上副世祖立法之初意。(《元史·食货志》)变钞的具体办法是：一，印造“至正交钞”(实际上是用旧日的中统交钞加盖“至正交钞”字样，故又称“至正中统交钞”)，新钞一贯合铜钱一千文，或至元宝钞二贯，而至正交钞的价值比至元宝钞提高了一倍，两钞则并行通用。二，发行“至正通宝钱”，与历代旧币通行，使钱钞通行，并以钱来实钞法。
至正十一年(1351)新钞与通宝同时发行，结果很快就出现了通货膨胀。“行之未久，物价腾踊，价逾十倍”，“京师料钞十锭(每锭50 贯)，易斗粟不可得”，“所在郡县，皆以物货相贸易，公私所积之钞，遂俱不行”(《元史·食货志》)。变钞的最后结果是完全失败。
在实行变钞的同时，脱脱决心治理黄河。
早在至正八年二月时，元廷于济宁郓城立行都水监，命贾鲁为行都水监使，专治河患。贾鲁经过实地考察、测量地形、绘制地图，提出二策：“其一，议修筑北堤，以制横溃，则用工省;其二，议疏塞并举，挽河东行，使复故道，其功数倍”(《元史·贾鲁传》)。但他的建议未被采纳。九年，脱脱复相后，专门召开治河讨论会，贾鲁以都漕运使身份再次提出自己的治河主张，并进一步强调“必疏南河，塞北河，修复故道。役不大兴，害不能已”(《元史·成遵传》)。脱脱当机立断，取其后策。并不顾工部尚书成遵等抗争，坚定地说：“事有难为，犹疾有难治，自古河患即难治之疾也，今我必欲去其疾!”(《元史·脱脱传》)脱脱明知“此疾难治”，也明知要冒巨大风险，还是坚决地“欲去其疾”;他深知越是不治，越是难治，越难治，饥民、流民问题越严重。脱脱是把治河当作制止“盗贼滋蔓”的重要手段来加以认识的。
至正十一年四月初四日，妥欢贴睦尔正式批准治河，下诏中外，命贾鲁为工部尚书、总治河防使，发汴梁、大名13路民15 万人，庐州(今安徽合肥)等地戍军18 翼2 万人供役。四月二十二日开工，七月完成疏凿工程，八月二十九日放水入故道，九月舟楫通行，并开始堵口工程，十一月十一日，木土工毕，诸埽堵堤建成。整个工程计190 天。贾鲁按照他的疏塞并举、先疏后塞的方案，成功地完成了治河工程。
镇压起义
在鲁治河之时，白莲教主韩山童等抓住时机，凿好独眼石人一个，预先埋于黄陵岗，散布民谣：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”五月初，韩山童与刘福通等在颍州颍上(今属安徽)发动起义，元末农民战争爆发。
颍上起义爆发后，韩山童虽遭官府捕杀牺牲，刘福通则在占领颍州成功后，迅速进据河南朱皋、罗山、真阳、确山、汝宁、息州、光州等地，众至10 万。同年夏，彭莹玉兵起淮西。八月，邳县人李二(芝麻李)、赵君用、彭大及其子早住等占领徐州;麻城人、铁工邹普胜，罗田人、布贩徐寿辉起兵蕲州(今湖北蕲春南)。十月，徐寿辉克蕲水(今湖北浠水)，建立天完政权。十二月，王权(布王三)、张椿等攻占邓州、南阳，称“北琐红军”;十二年正月，孟海马等攻占襄阳(今属湖北)，称“南琐红军”。二月，定远人郭子兴等攻占濠州(今安徽凤阳东北)。北、南、西三片地方的红中军几乎同时而起，来势之猛为元廷所料不及。
