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这次突厥大肆侵扰，李渊没有派李世民，而是派了元吉带兵迎敌。元吉与李建成密谋，大军出征，李世民等人必然会来欢送，元吉可乘机“使壮士拉杀之于幕下”。 “拉杀”是一种什么样的杀法呢?实际上是命帐下军士把李世民拉出去杀掉。为什么不直接杀掉，还要走这个过程呢?这是因为元吉现在执掌了兵权，可以制造借口诬称李世民触犯了军纪而对他军法从事，推出去斩了。谁也对此提不出反对意见，可能大家还会称颂元吉军纪严明，铁面无私呢。
建成和元吉也准备利用这个机会把李世民的心腹将领一网打尽。他打着出征的名义，请李渊调秦王手下的猛将尉迟敬德、程知节、秦叔宝等人到帐下听令，调秦王手下的精锐将士充实远征军。元吉一旦带兵出行，即于军中把敬德等人“悉数坑之”，也就是全部活埋。这些计划本是建成与元吉的密谋，但被秦王的耳目探知报告了秦王。
这时李渊的态度发生了变化，史书上是说他听信了妃嫔和建成等人打的小报告，“将罪民”。这绝不是简单地把李世民扭送司法机关，而是要杀掉李世民。建成是个混蛋，他竟敢要老爸的命。李世民也不是善茬子，早晚要搞个名堂出来。这两个人中，李渊还是怕李世民。为什么?因为李世民精明强干，会打仗。更重要的是他掌握着唐军精锐。两害之中去其重，李渊决定要除掉李世民。这个打算因大臣的反对最后取消，但李渊“去民”之心并未取消。
上面要杀李世民，元吉要杀秦府诸将。大家不干了，逼着李世民表态，要么立即领着大家起来诛凶，要么我们立即出走，“窜身荒野”。
士气可用，但还需进一步查实大家的决心。李世民请大家别着急先等等，等到建成元吉首先发动事变，再反击不迟。长孙无忌等人坚决反对李世民的做法，要求李世民主动出击。李世民仍不听，他要进一步查实部下诛凶的决心。李世民决定进行占卜。正当他拿起龟片要占卜的时候，守卫玄武门的张公谨冲进来，从秦王手里抢过龟片砸在地上，严厉批评李世民：“卜以决疑。今事在不疑，尚何卜乎!卜而不吉，庸何伤乎!”张公谨这段话的意思是，占卜是为了决定尚难决定的事情，现在擒凶行动已是迫在眉睫的事，容不得迟疑，还卜个屁;占卜的结果如果是“不宜动刀”的话，你还这么等着。
张公谨摔龟片，李世民下了决心。士气高涨，群心坚定，可以行动了。李世民忍辱受屈，要等的就是这个东西——众志成城，铁心擒凶。现在，他终于等到了。
什么时候行动呢?在什么地点行动呢?不用李世民考虑，李渊把这些都“安排”好了。正当李世民筹划行动方案时，李渊叫李世民入宫，有事询问。
问什么呢?原来管天象的一个官员奏报李渊：“太白见秦分，秦王当有天下。”李渊这下火了，我当着皇帝，李世民怎么会有天下。他召李世民进宫，问这是怎么回事。李世民立即指出，这是建成他们散播的流言。李世民乘机密奏建成、元吉如何和后宫的娘娘们乱搞。李渊愤怒了，后宫的娘娘都是自己的二奶、三奶，就是那些尚未破瓜的宫女，也都是自己的候补二奶，现在居然有人在太岁头上动土，而此人不是别人，是自己的儿子们。好嘛，儿子们在老子的头上拉屎拉尿，这还了得。李世民检举完了严厉地警告李渊，你今天要杀我，实际上是为建成张目。他警告李渊，“臣今枉死，永违君亲”。这是在向李渊示威，表示要和李渊决裂。
李渊从来没有见过李世民发这么大的脾气，说这么厉害的话。既然敢这么说，那就有敢说的本钱。李渊怕激起变乱，告诉李世民，明天要召建成元吉对质，你早点来。
李渊万万没有想到，他今天的这个轻率的举动，马上要给自己的皇帝生涯画上句号。
当晚，李世民紧急部署行动。建成、元吉明天早晨要进宫对质，进宫必须要经过玄武门，就选在玄武门动手。
军队已被元吉拖走驻在长安城外面，秦王李世民能动员的军队只有秦王府的一千多名卫士。这些卫士都是经过特别挑选的“死士”，人少了点，但战斗力特强。敬德、程知节、秦叔宝等将领已被抽调到军队中，但他们都已偷偷跑回来了。元吉实在不是带兵的人，数万军队驻在城外，他却仍在城内鬼混。估计远征军主帅不在，军纪松弛，营区混乱，致使敬德等人潜回秦王府。元吉，将为自己的不负责任付出代价。
第二天早晨，建成与元吉准备进宫。李渊的小老婆张婕妤已把李世民和李渊的话告诉了李建成。元吉带兵，但他不能把远征军开到城内，他也只能和李世民一样，动员齐王府的卫队严密戒备。元吉比较滑头，建议称疾不朝。如果建成听了元吉的话，李世民这次行动就要失败了。偏偏建成大意了，认为他们的卫队已准备好了应付不测事件，怕什么，入宫去。
李建成和元吉看来都没有想到李世民会在宫门口下手。玄武门，是皇城宫城的九大门之一，李世民怎么敢在这里动手。他们大概估计到李世民要动手的话，只能是带着卫队攻打太子府和齐王府。现在两府的军队俱已进入戒备状态，李世民能奈我何。元吉想“称疾不朝”，就是想坐镇齐王府，等待李世民来攻。他是远征军司令，可以奏请李渊调主力进城“平叛”。那时，李世民首尾受敌，寡不敌众，必然是大败。
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可惜，李世民偏不走这着笨棋，他走的是一步巧棋、险棋。
史料对玄武门兵变的过程记述含糊。笔者经考证认为，兵变的过程大概是这样的。
兵变发生时，李世民率秦王府卫队埋伏在玄武门内侧。玄武门外是敬君弘率领的宿卫兵，城上是守门官员张公谨的守门军队。这两个官员都是李世民的死党。按规定，李世民是不能带军队进入玄武门的，甚至也不能在玄武门外侧驻屯军队。但现在管着玄武门的两个官员都是自己的死党，那就又当别论了。
