从某个角度来说，海瑞的心和朱元璋是相通的。海瑞对朱元璋的残酷惩贪措施完全赞成：“我太祖视民如伤，执《周书》‘如保赤子’之义，毫发侵渔者加惨刑。数十年民得安生乐业，千载一时之盛也。”
吃着粗粮青菜，穿着打了补丁的衣服，过着城市贫民的生活，海瑞从来没有觉得有什么不合理。他甘清贫如饴，清贫有助于他保持气节，而富贵温柔则是道德的陷阱。海瑞从来没有反思过，开国之初的经济萧条与现在的经济繁荣不可同日而语，以那时的标准来发放现在的俸禄是否现实，要求所有人都像他一样摒绝物欲是否可能？
朱元璋的严苛和海瑞的不苟正是来源于一个文化母体。清官们的一丝不取与贪官们的毫无禁忌其实也是相同文化基因上生长而成的两极。
几千年来，一方面贪官们的奢侈腐化肆无忌惮让人义愤填膺，另一方面清官也总是清得让人心疼。他们清到家徒四壁，清到生计无着，清到触目惊心。
“清官”在官场中恰恰成了官员们的反面教材。做清官不仅物质上吃苦，精神上也要承担巨大的压力。每办一件事，海瑞都要严格遵守国家规定，因而窒碍重重，举步维艰。同僚的讥笑、排挤、不合作，乡绅们的抵制、咒骂、上访，甚至死亡威胁，这些都不算。就是在家里，母亲、妻子、亲戚也整日抱怨不已，虽然不敢明着指责他，但起码不会给他好脸色看。因此，做“清官”，其实是在日日承受着一种常人无法忍受的煎熬。
海瑞把这种煎熬当成一种考验、一种磨炼，当作“超凡入圣”的必经之途。
不做清官都难如此，县令中的“清官”更是不可避免地成为官场中的“异类”，如果不能被“同化”，那么，只能被“挤走”。
嘉靖三十九年（1560年），即海瑞任淳安县令的第三年，都御史鄢懋卿巡行浙江。都御史是御史台长官，是最高反腐机构的领导人，所到之处，接待的规格很高。况且鄢氏平时即好排场，讲究享受，因此，各地官员在接待上都下了不少功夫。连吃喝带“土特产”，一个县没有千把银子下不来。鄢氏所到之处，“监司郡邑吏膝行蒲伏”，“常与妻偕行，制五彩舆，令十二女子舁之，道路倾骇”。
鄢氏将过境淳安的消息传来，师爷愁眉紧锁。府员、道员到来，你公事公办还则罢了，这一次来的可是“部级干部”，并且是都御史，如果把他得罪了，一个小小县令，官位立刻不保。
海瑞却不信那个邪，面对师爷的劝告，他不耐烦地说：“充军死罪宁甘受，安可为此穿窬举动耶！”即使充军杀头，我也不做这样见不得人的事！
他告诉师爷不必发愁，且看本县如何处置！
他的“处置”就是给鄢氏写了封信。信的大意是：接到您发来的公文，通知说您将巡视我县。您在公文里说您素性简朴，不喜承迎，各地接待上要简朴，不可铺张浪费，以节省国家钱财。可是我听您所到过的县报告说，您所到之地，“各处皆有酒席，每席费银三四百两。金花、金段，一道汤一进”，与您在通知中所说的大相径庭。是不是各县官员误解了您的意思，把您的要求当成虚文了呢？
接到了这封信，鄢氏连淳安所属的严州都没有进，绕道而去。严州知府大发雷霆，把海瑞叫到州上拍案大骂了一顿：“你多大一个破官，还反了你了！”知府骂不停口，海瑞“惟敛容长跽，无一语辩”。
严州知府终于受不了了，浙江官员的忍耐也达到了极限。他们联起手来，要把海瑞弄走。然而海瑞居官行政，处处以太祖祖制为依据，不逾规矩一步，挑他毛病还真不容易。这难不倒官场中人。罢不了你的官，我还升不了你的官吗？府道官员联合建议，像海瑞这样道德高尚的清官，应该晋升到中央去任职。
“清官”容易受同僚排挤打击，另一方面也容易受到上层的注目，进而得到重用。
海瑞的清廉，中央高层时有耳闻。既然浙江官员也认为海瑞应该升官，那么就提拔他一下吧，也能反映出干部选拔中的公正清廉。然而，到中央任职不大合适，既然地方官做得好，还是留在地方做贡献吧。于是三年知县任满，吏部预备提升海瑞任浙江嘉兴府通判。
这一下，弄巧成拙的浙江官员紧急动员，找到了受到海瑞羞辱的鄢懋卿，买通了御史袁淳，网罗罪名弹劾海瑞。经过一番紧张的官场运作，海瑞还不知道怎么回事，就被一纸调令调出了浙江，转任江西兴国知县。
兴国是个“苦县”，土地贫瘠，人口稀少，交通不便，历来是没有人愿意去的地方。然而，海瑞毫无怨言。到了兴国，他下车伊始，就雷厉风行地针对当地大户隐瞒土地严重的状况，开始重新丈量土地，核实国家税赋。清丈土地是一项极为艰难的工作，豪强大户千方百计阻挠，暗地里又用尽手段，买通工作人员，弄虚作假，以致工作进行得很不顺利。
就在海瑞到兴国一年零八个月，土地清丈还没有完成之际，吏部又下来一纸调令，海瑞因“工作出色”，升为户部云南司主事，级别为正六品。很显然，是地方上的乡绅通过地方势力，买通了省里、京里，终于把海瑞清除出去了。
其实和历史上其他大部分清官比起来，海瑞的命运还是比较好的。因为被排挤、被打击、被冷落，是明代清官共同的命运。明代初年潍州知州吴履是一个著名清官，维护地方百姓利益不遗余力，当时“山东兵常以牛羊代秋税”，造成百姓负担极重。只有他顶住压力，不以牛羊代税，结果“上官令民送牛羊之陕西，他县民多破家，潍民独完”。善政如此，百姓视之如父母，但是知州因此也就成了他仕途的顶点，最终在知州任上“乞骸骨归”。永乐时的浙江钱塘知县叶宗人，号称“钱塘一叶清”，他的生活是“厨中惟银鱼腊一裹”，在官场上算是一个异类，结果是“以知县卒于任”。东平知州李湘，“常禄外一无所取，训诫吏民若家人然”，结果也是一直升不上去，“卒于知府任上”。正德年间，山东武定知州唐侃，遇到太监到各地勒索钱财，“诸内奄迫胁所过州县吏，索金钱”，他让人抬了一具空棺材，放到大堂上，告诉太监“吾办一死，金钱不可得也”，结果真把太监给吓跑了。就是这样一个有风骨的官员，最后也不过做到刑部主事而已。