在康熙四十七年的时候，清朝终于发现了朱慈炤，一举将其抓获。那么他是如何被捕的呢？
原来，按照朱家的传统，朱慈炤的下一代应该是和字辈，和字应该放在名字的中间。而名字的最后一个字，按照明朝皇族喜欢用金木水火土来排序的习惯，朱慈炤的下一代名字最后一个字都有一个土字旁。虽然朱慈炤那个时候已经把自己儿子的姓氏改成张了，但是他的儿子的名字的特殊性还是被一些人发现了，于是最后都被抓了。
在抓捕朱慈炤的时候，他家族的女性成员全部自杀了，男性成员六人全部被清朝抓获。清朝在对朱慈炤审讯之后，朱慈炤承认自己是崇祯第四子，但是他否认自己参与了谋反。可朱慈炤不知道的是，即使自己没有参与谋反，他也是死路一条。不过当时清朝在判定朱慈炤死罪罪名这个问题上，遇到了一点点小麻烦，因为清朝不能将他以崇祯皇帝亲儿子的身份处死，这是为什么呢？
原来，清朝入关的时候，其实打着的是帮助明朝复仇的旗号进来的，而且清朝后来特别重视与汉族的融合。特别是在康熙时期，康熙皇帝十分尊崇汉人的文化，为了笼络天下汉人学子，他甚至几次到朱元璋的坟前祭拜。所以在这个情况下，如果堂而皇之地公布朱慈炤的真实身份，并且把他杀掉的话，五一对于康熙皇帝的统治极其不利。
所以为了掩人耳目，清朝故意将朱慈炤和朱慈焕混淆，把朱慈炤说成是假冒的朱慈焕，然后以假冒明朝皇子的罪名将朱慈炤全家杀害。当时朱慈焕已经七十多岁了，年纪比康熙皇帝还大，可康熙皇帝还是不放心，不顾朱慈炤的哀求，将其子孙三代全部杀害。史学家孟森对朱三太子本传补正，并指出康熙四十七年所获朱三太子，实为崇祯第四子封为永王者，清廷在朱三太子一事上，“颠倒耳目者二三百年，帝王之用机心刻深长久，为振古所未有”。
这件事可以说是康熙皇帝一手操办的，在清史上的记载也是把朱慈炤当作假朱慈焕来记载的。
朱慈炤死后，康熙皇帝以为天下就太平了，可是在康熙六十年的时候，台湾一个叫做朱一贵的人仍然打着朱三太子的名号造反。由此可见，朱三太子其实就是一面旗号而已，他代表的就是那些对于清朝统治不满的人。
历史发展到今天，崇祯皇帝儿子的最终结果，除了朱慈炯尚不明确之外，其他人的大致结局基本上都已经被史学家研究出来了。文中提到的朱慈烺和朱慈焕，其实都没有与清朝为敌的想法，但是清朝的统治者依然对他们十分不放心，这也显示出清朝皇帝对于坐稳江山是怀有忧患意识的，也展示出清朝皇帝为了维护统治是不择手段的。
