历代的帝王，相对来说可能没有一天是省心的，随时就会有人威胁到自己的地位。这个人也许是朝堂中的某位大臣，也可能是在民间的一场暴乱。
为了维护自己的皇位，最常见的做法，就是驻扎军队，把军队放在自己认为重要的地方。而且，这支军队要能够绝对的信任。所以，在入关以后，清朝把八旗军重点驻扎在江南地区。
八旗制是清代兵民合一的社会组织制度，为八旗制度下的军队。由太祖努尔哈赤在女真人牛录制度上建成的，明万历二十九年（1601年）始建四旗，正黄旗、正蓝旗、正白旗、正红旗。明万历四十三年（1615年）增设四旗，称镶黄旗、镶蓝旗、镶红旗和镶白旗，定三百人为一牛录，五牛录为一甲喇，五甲喇为一固山（固山即旗），满族人按八旗制分隶各旗，平时生产，战时从征。初建时，不但在军事上发挥了重要作用，而且具有行政和生产职能。
八旗军是清朝皇帝在关外时就建立的军队。在努尔哈赤时期建立。在跟一般的军队不同，这支军队在和平时期从事生产，战争爆发时，立刻投入战争。八旗军会以这样的方式存在，也是因为关外环境艰难。为了能维持下去，不得已才这么做。
这种艰苦的磨砺，对于八旗军而言，极有好处。再加上弓马射猎，以及热武器的配备，给了早年八旗军较为强悍的战斗力。清朝借着八旗军平定天下，与沙俄争雄，包括后来平定三藩。八旗军都立下了汗马功劳。朝廷对这支军队极为信任，就连保卫京师的重任，也一并交由八旗军完成。
顺治二年，清军占领南京后，标志着江南落入他们手中。当时率领清军的豫亲王多铎便将南京城的城东划为军队驻防的地方。不久后，八旗军开始陆续驻扎在南京城。
以南京（后来改名为江宁）为核心的江南八旗军驻防，便开始逐渐建立起来。也就是后来的江宁驻防。这里常年驻扎重兵把守。从顺治到乾隆时期，一直在改进。
这支军队经历多年发展后，军种变得愈加完备。除了马兵、步兵，还有工匠、炮手，南京城内还藏有火炮等重武器。
在训练较多的时候，城内有800杆鸟枪，每年演练八个月，每个月射击六次，每次五发。跟现在军队比，自然相差很多。但在当时，可以有这种频率的热武器训练，已经非常难得了。
清朝对驻守在江南的八旗军如此重视，自然证明江南在他们心中的重要性。江南富庶，文教兴盛。每年缴纳的赋税全国第一，每年的科举人才全国第一。水系商路畅通，贸易发达。江南的富庶是从明朝时就积累起来的。
当时的江南是明朝的南直隶省，直接归朝廷管辖。清朝占领此地时，曾激起当地人疯狂的反抗。他们可以丢掉性命，却不愿屈服。这也是清朝在这里驻扎大量军队的一个重要原因。
谁也不知道，看似柔弱的江南人，会不会再次掀起一场更为迅猛的风暴。而且，当地积累下如此丰厚的物资，如果被有心人利用，对于朝廷，可能就是一场灾难。
所以，清朝一直小心翼翼的对待这里。他们削弱江南的实力，把江南划分为两个省份，派遣军队驻扎。
同时，用科举招揽当地的人才，让他们站在自己这一边。靠着这些，江南地区才维持了表面的风平浪静。但清朝一直没有放松警惕。其实，整个清朝历史，江南一直是他们的心腹重地。包括后来的太平天国、鸦片战争，都跟江南有关。只不过，那时的八旗早已衰落。他们在乾隆中期以后，就不堪重用，成为可有可无的角色。