后来李靖领兵在进击吐谷浑时，利州刺史高甑生任盐泽道总管，未按期到达，贻误了军机，受到李靖的责备，他心怀不满。战事结束后，即串通广州都督府长史唐奉义诬告李靖谋反。
唐太宗李世民于是就派遣一个御史前去调查取证，并且要把举报的证人一并带到京城。唐高祖李渊就派遣一个御史前去调查取证，并且要把举报的证人一并带到京城。这个御史，心里很清楚这是诬告李靖，于是在带着证人的路上，他一路观察证人的举动，思索着解救李靖的办法。走过了几个驿站之后，这个御史忽然说证词文书失窃，他一边发火鞭打身边的官吏，另一方面他又去找原告，请求他把证词在重新撰写一份。
这个高甑生本来就是胡诌八扯编的一份证词，现在让他重写，也着实难为了他，废了好大劲终于又写了一份。这个御史拿着新的证词文书看了一遍，然后拿出了那份声称被窃的证词。原来这是这位御史的一个计谋，他拿着出自一个人的两份证词进行比对。
这一比对，问题就来了，出自一个人的证词竟然前后有很大差异，这位御史将两份证词和事情的经过，快马送入京城。唐太宗看过之后，勃然大怒，命令那位御史原地以诬告罪处死高甑生。从此，李靖“乃阖门自守，杜绝宾客，虽亲戚不得妄进”。唐太宗李世民改封李靖为卫国公，授濮州刺史，依旧命他世袭爵位，后因子孙丧命而未执行。
640年，李靖的妻子去世，唐太宗诏令坟茔规格依照汉代卫青、霍去病的旧例，把坟墓修筑成突厥境内的铁山、吐谷浑境内的积石山的形状，以此表彰李靖特殊的战绩。贞观十七年，李靖又与长孙无忌等二十四人图像于凌烟阁，尊奉为功臣。
在贞观二十三年，也就是公元649年春，李靖的病情恶化，唐太宗亲临病榻慰问。他见李靖病危，涕泪俱下，十分难过地对李靖说：“公乃朕生平故人，对国家有功劳。如今病到这种地步，为公感到担忧。”四月二十三日（7月2日），李靖溘然逝去，享年七十九岁。
唐太宗册赠司徒、并州都督，给班剑、羽葆、鼓吹，陪葬昭陵。谥曰景武。坟墓如同卫青、霍去病故事，筑坟形如同突厥内燕然山、吐谷浑内积石二山形状，“以旌殊绩”。因为他战功显赫，死后经常显灵，为百姓救危解厄，百姓为其建庙供奉，于是到晚唐时候，李靖渐渐被神化了。
很多人不了解李靖还有看人的超能力，话说，唐朝的开国功臣侯君集也是个将领，他在战场上非常勇猛，但是他并不懂什么兵法、谋略。李世民当上皇帝之后，侯君集当上了兵部尚书，李世民也知道他的能力并不足以担任这个职位，所以李世民让他跟着李靖学学。
李世民也算是一个尽心的主子了，他帮侯君集找到老师之后还询问他的学习情况。李靖可以算是李世民的肱骨之臣了，深得李世民信任。但是令李世民没有想到的是，侯君集竟然跟李世民说：李靖根本就没把皇上的话放在心上，他根本就没有用心教他，只是交了一点皮毛，并不想交给他真正的本领，甚至还说李靖可能有异心。
这让李世民非常吃惊，首先李靖他是了解的他不可能造反，其次，侯君集敢对皇上说出这种话也算是令人惊讶。李世民也没有尽信侯君集一家之言，他还询问了李靖。
让李世民没出意外的是，李靖跟侯君集的说法恰恰相反。李靖说他是认真地在教侯君集，任何事物都是由浅入深的，他先教侯君集基础的东西，但是侯君集对这些并不感兴趣，他总是想学高深的兵法谋略、御人之道。所以，李靖觉得侯君集志不在一个小小的兵部尚书。
侯君集和李靖两个人都说对方心思不纯，但是谁都是一己之言都没有什么证据，李世民就算有些心偏，表面上也不能做得太过分，于是就让两人都暂时停职在家休息一段时间。
然而，侯君集以为自己已经走到了末路，不久之后就和李承乾等人举兵作乱，印证了李靖的想法。
李靖虽然是唐朝威名赫赫的大将军。但是，不知为何，一部《隋唐英雄传》让秦琼、程咬金、罗成等广为人知，李靖却反而少有人知了，如果不是和红拂女的爱情故事，估计很多人都不会了解他的丰功伟绩。
李靖才兼文武，出将入相，为唐朝的统一与巩固立下了赫赫战功，堪称历史上的完美之人。但能成为名将本就要经过尸山血海里滚过，白骨从中挣命的残酷筛选，然而一旦功成名就，名将的命运也就很尴尬，曾经的战场杀伐锋芒，不知不觉成为了现任统治者的威胁。于是各种猜忌，诋毁就开始了，正所谓：自古美女如良将，不许人间见白头。幸运的是，李靖遇到了一代明主李世民。
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