明朝后期的社会矛盾是非常严重的，也正是在各种社会矛盾的激化下，在明朝末年爆发了一连串的农民起义。造成明朝社会矛盾的原因是多方面的，主要是土地兼并使农民失去了生存的根基。再加上遇上灾荒，导致遍地都是饥民，已经发展的人吃人的地步。所以为了生存，农民选择了揭竿而起。
空前严重的土地兼并 ，导致超过九成的农民失去土地
明朝后期，土地兼并严重，特别是皇室宗亲和外戚等权贵占有大量的良田。比如，万历时期，潞王朱翊镠因为是万历的亲弟弟，颇受万历关爱，仅他自己就有庄田四万顷；另外万历皇帝还下诏赏赐儿子福王朱常洵庄田四万顷，在大臣们的一再劝阻下，才改为两万顷。其他如桂王朱常瀛、惠王朱常润、瑞王朱常浩和遂平公主、宁国公主等皇室所占的田地都在万顷以上。据统计，山西全省稍微好一点田地几乎全部被宗室占了；河南省内有72家王族，也占了全省一大半的田地。根据不完全统计，仅皇室宗亲所占有的田地就超50万顷。
皇室如此，其他贵族官僚也同样采取各种手段侵占田地，万历年间，有的大地主占地竟然达到六七万顷。而一些乡绅、底层官员也依样画葫芦，在乡间大肆霸占田地。一些豪强采取强行霸占等办法，也占有了大量的田地。在这种全国上下疯狂的土地兼并中，大多数老百姓的土地都被别人占去了，失去了生活的来源，只得成为佃户，任地主剥削，还是难以糊口。明朝大思想家顾炎武曾说：“有田者十之一，为人佃作者十之九”。
失去土地的农民也还要面临政府的各种苛捐杂税，在万历年间推行的“一条鞭法”，增加了政府的收入，却苦了百姓，它加重了赋税，出现了鞭外加鞭、条外有条现象，杂税层出不穷。另外明政府还以辽东战事严重，向百姓征收“辽饷”，并且连征三次。佃农的日子也不好过，遇到灾荒年，收成不好，但是地主却依旧采用大斗大秤的办法盘剥佃农，佃农辛苦一年，还填不饱自己的肚子。工商业也同样被盘剥压榨
农民土地被侵占，城里手工业者和工商业经营者也同样面临贵族、官僚的掠夺、盘剥。一些贵族、官僚不但占有大量的田地，也开办了许多的工商业，比如铁坊、油坊、机坊、当铺、窑厂等。他们倚仗权势，欺行霸市，对一些私人手工业者进行排挤打压，导致小工商业者难以支撑，最终形成由他们垄断的局面。
另一方面，明朝政府也加大了对小工商业者的掠夺，加征各种赋税。同时各级衙门也从中随意增加税银，以中饱私囊。在这种情况下，一些小手工业者和小工商业者也无法继续经营。
这样一来，农民失地、商人失业，大量的人口为了生存开始四处流动，也给社会带来了不确定的因素。在天启七年（1627年），陕西发生灾荒，就爆发了农民王二掀起的农民起义。随后响应者四起，高迎祥、李自成、张献忠等先后加入起义军。到崇祯六年（1633年），农民起义的范围已经发展到全国各地。
其中，闯王高迎祥发展成为最为强大的一支起义军，并最终在李自成的率领下，攻占了北京城，建立了大顺政权，推翻了明王朝。