雍正二年十二月，逮至京师，下议政大臣、三法司、九卿会鞫。是月甲戌，具狱辞：羹尧大逆之罪五，欺罔之罪九，僣越之罪十六，狂悖之罪十三，专擅之罪六，忌刻之罪六，残忍之罪四，贪黩之罪十八，侵蚀之罪十五，凡九十二款，当大辟，亲属缘坐。上谕曰：“羹尧谋逆虽实，而事迹未著，朕念青海之功，不忍加极刑。”遣领侍卫内大臣马尔赛、步军统领阿齐图赍诏谕羹尧狱中令自裁。
其实由于各种小说影视的传播，把年羹尧的功劳过度夸大了，让人觉得雍正兔死狗烹太过无情。年羹尧平叛青海之乱之所以得胜，关键在于雍正皇帝的鼎力支持，后勤保障源源不绝是他打胜仗的根本原因。即使没有年羹尧，让别人打也差不到哪儿去。毕竟这是一场以多胜少以强胜弱以有钱打没钱的战争。如果打一个胜仗就尾巴翘上了天，那么汉朝的卫青，唐朝的李靖，明朝的徐达，得嘚瑟成啥样啊。所以年羹尧跟唐朝的侯君集，明朝的蓝玉差不多，都犯了恃宠而骄的毛病。
