1898年9月21日，慈禧与光绪共同见军机大臣，宣布慈禧重新“训政”，并下令捉拿康有为等维新派人士。这就是著名的“戊戌政变”，事情起因于光绪实施的“百日维新”。
这似乎就是某些人所说的帝党与后党的权力之争，或慈禧对维新变法的阻挠。但事实并非如此，更不是改革派与保守派的总较量：光绪与慈禧虽有矛盾和冲突，但这种“冲突”充其量只是一种正常的言语争辩和政见分歧，二人没有根本利益上的冲突，光绪主张较为激进的政治变革，恨不得在很短时间内就让清王朝重振雄风；慈禧则主张在保持社会秩序基本稳定的前提下，通过谨慎的操作来稳步地推进改革。二人的总目标是一致的，正如慈禧对光绪所说的那样，“苟可致富强者，儿自为之，吾不内制也”。
本来，深受甲午战争战败的刺激，改革图强成为当时的最强音，各个阶层、群体都有变革维新的愿望，这也是统治集团的共同感受和基本共识。
戊戌政变因而广受关注，可惜，也许是执政经验的不足，也许是心情过于急切，持续了一百来天的改革实践证明，光绪主持的一些改革措施较为激进和盲目，且缺少全盘考虑的合理规划和理性安排，在许多方面超出了社会的实际承受力。
这一状况引起了社会各界的普遍不满和统治阶层中部分权贵的严重担忧，特别是到了维新变法的后期，连光绪的执政能力和改革意图也遭到了质疑，引发了严重的朝廷信任危机，满洲贵族内部甚至出现了“废掉光绪”的呼声，这不能不使慈禧如坐针毡。因此，慈禧不得不及时挺身而出，通过一定的执政技巧和行政博弈，来缓和日趋紧张和压抑的政治气氛。她所做的补偏救弊的应对和表示也就是戊戌政变。
但是，慈禧深知这次变法在基本立意上并不坏，它虽然存在种种的失误和不尽如人意的地方，如若过分地否定和打压，不仅将扼杀清王朝的发展生机，且势必会堵塞以后任何新的改革举措的推行。出于维护朝廷尊严和保护光绪权威的需要，慈禧必须通过对百日维新的“暂时否定”和“区别对待”，来尽快恢复大清正常的舆论环境和政治秩序。所以，慈禧在政变后所颁发的一系列诏书中，议论最多的不是针对新政的政策，而是竭力指责康有为等人“结党营私，莠言乱政”。这种既指出并纠正新政的某些政策失误又把失误原因归结到部分臣子身上的做法，确实让光绪从被动中解脱出来，且为朝廷以后持续的改革奠定了基础。
1901年《辛丑条约》签订后，由于受到更大的刺激和屈辱，在慈禧的支持下，光绪领导了改革力度更大、变革决心更强的“清末新政”，它完全是“百日维新”的再版，但步子迈得更大、走得更远。这再次证明，当年慈禧对百日维新的“镇压”，只是一种表面上的应对策略，实际上是为了挽救光绪的政治生命乃至个人命运所做的一次政治努力。不过，这种现实努力和政治博弈不可能使晚清的基本走势发生逆转。十年后，繁华一时的清王朝还是走到了尽头。