监御史职掌监郡，隶属于御史中丞，是中央监察地方的官员。其职责及地位特殊，既监察地方行政，也执行某些重大使命。
此外，京师为都城重地，所在郡县不设郡守，另设内史掌治京师，地位相当列卿。
郡下分若干县。县的行政长官称县令，不满万户的县称县长，掌管一县的政务。县设县尉，主管县内的治安、征发戍卒等。又设县丞，协助县令、长，并掌管司法。
在少数民族聚集的地区设“道”，道与县并行，性质同县的行政机构类似。
县下设乡。乡有三老，掌教化；有啬夫，主管司法、赋税；有游缴，管理治安。乡之下为里，里设里正，又称里典。里中有什伍的组织。
此外，秦时还有“亭”的设置，主要是维持地方治安，传递文书等。“亭”设亭长、求盗等亭吏。秦朝末年，刘邦以泗水亭长，为县送刑徒于驱山，基本与上述职能相符。其隶属关系，则更像县的派出机构，而不属于乡管辖。
秦朝的地方行政机构，分为郡、县两级制，它直属于秦朝中央统辖。郡县长吏由中央直接派遣，是中央在地方行使权力的代表。他们必须执行中央旨令，接受中央的监督和考核，从而使地方权力集中于中央。
随着上述政治制度的推行，秦朝关于官吏的选任、考课、赐爵、秩俸等，也有一整套相应的制度。
在官吏选任方面，秦朝沿袭商鞅变法以来的制度，废除世卿世禄制，实行“以功授官”的官僚制。在这种制度下，以军功授官是选任官吏的主要途径，一些在统一战争中立有军功，或者有特殊贡献的人员，秦始皇相继授予各种不同的官职。
对高级武官的任用，有的尊宠倍加，甚至成为几代人相袭的官职。秦将蒙恬及其父祖，还有王翦和他的子孙，都是三代相袭为高级将领。司马迁称“王氏、蒙氏功为多，名施于后世”。 显赫的军功不仅是仕进的阶梯，又是子孙袭封为武官的条件。从 “蒙恬因家世得为秦将”来看，秦朝武官世职的现象，显然属于恩荫之类的封赐。
然而，随着国家的统一，频繁的战争减少了，以军功选官的办法，已不能适应新形势的要求。尤其秦朝加强中央集权的各项措施相继推行，全国政事日益增多，国家各级机构需要各种人才， 因此其他的选官途径也同时并行。如征聘士人从政，或从低级吏员中征举人才，就是其中一种。前者如秦始皇时期，叔孙通以文学征，待诏于博士中；后者如萧何以郡卒史考课第一，监御史拟入奏朝廷征用萧何。这类征召性质的选官，被征之士去从可以抉择，如萧何即不应召。
对于低级官吏的选任，秦朝实行由地方推举的办法。刘邦在秦朝时，“及壮，试为吏”，即经过试职，而后被任命为泗水亭长。
此外，盛行于秦昭王时期的任举制，或称保举，大约秦统一初期还在实行。这是由官吏荐举人才，并作担保，官府加以任用的选官方式。如秦王嬴政时期，李斯入秦，就是由吕不韦保任为郎的。
但是，如果保举违制，或所任不当，保举者将受到惩罚。云梦秦简 《秦律杂抄·除吏律》规定，如保举曾被撤职永不叙用的人为吏，罚二甲。《除弟子律》规定，如保举弟子不当者，则耐为候，即处以剃去须鬓的耐刑，罚做伺望敌情的刑徒。
秦朝对地方官吏的考课，实行的是“上计”制。即每年年终，由地方派人到京师上计簿，上报辖区治状。上计的内容十分广泛， 如农桑、户口、赋税、钱粮、治安、断狱等，以便中央了解各地的政情风俗，考察地方官吏的政绩，并作为官吏升迁赏罚的根据。
秦朝的赐爵制，源自秦的赐爵制。它在全国统一后，也发生某些变化。秦推行赐爵制，本意在于奖励军功。凡获得爵位者，可根据不同等级，享受某些特权，如入仕为官，赎罪赎身，获取田宅， 役使庶子，封邑食税等。嬴政即位后，以军功赐爵仍然没有改变。如公元前238年，秦平息嫪毐叛乱时，对斩敌立功者均拜爵，参战的宦官也拜爵一级。但全国统一之后，赐爵出现了明显变化，即修驰道及徙边也可以授爵。
李斯议论的核心问题，即“私学相与非法教”，有碍于“定一尊”。于是，李斯主张禁私学，焚《诗》、《书》，实行文化专制的政策。
李斯的建议包括：
一、除《秦记》、医药、卜筮、种树之类的书籍外，其余的史书和民间所藏《诗》、《书》、百家语等，一律限30日内交官府烧毁，逾期不烧即处以黥刑，罚筑城四年的苦役。
二、凡议论《诗》、《书》的弃市，以古非今的，灭族。官吏知情不举的，与犯禁同罪。
三、禁止私学，愿意学习法令的，以吏为师。
秦始皇采纳李斯的建议，并诏令付诸实行。
秦始皇既然下令焚书，许多古代典籍付之一炬，其中六国史籍损失最大。因为这类史书对秦“有所刺讥”，又因主要藏于官家，自然不能幸免于难。直到东汉班固作《汉书·艺文志》，由于这类史书存世甚少，以致所著录六国史籍寥寥无几。
《诗》、《书》及百家语之类，因民间藏的较多，所以损失比史籍要小。古代典籍经过秦火浩劫，损失不少，但是并没有全部被销毁。事隔一百年之后，司马迁著述《史记》，书中征引、述及的古籍不下数十种，说明有些古籍还是保存下来了。甚至被李斯斥为“私学”、指为“祸首”的诸子著作，也没有完全被烧绝。西汉中期以至东汉初年，诸子文篇依然存世。《汉书·艺文志》诸子类，还详列各书所存篇数。这些书籍成为劫后余存。
它们所以能保存下来，除了秦博士官所藏书籍不被烧之外，当时民间私藏禁书是重要的原因。伏生壁藏《尚书》就是其中一例。汉初废除“挟书律”，许多典籍纷纷出世，大都是民间私藏的结果。汉景帝时，鲁恭王广治宫室，也 从孔壁之中发现大量的古籍。
秦始皇焚书的目的，为的是定法家于“一尊”。在“定一尊”的 口号下，各种学派的言论被禁止，百家思想受禁锢。一句话，禁绝一切异端思想，这就是焚书的实质。这种以焚书为手段的文化专制，造成我国古代文化的劫难，使长期积累的文化遗产遭到极大的破坏。
秦始皇的焚书，引起士人诸多不满，因而又演成坑儒事件。焚书的第二年，为秦始皇求仙药的方士侯生和卢生，唯恐骗术败露，遭杀身之祸，便私下攻击秦始皇。他们指责秦始皇贪于权势，独裁朝政；专任狱吏，不用博士；而且双双逃亡。秦始皇闻讯，以方士行骗诽谤，耗费巨万； 咸阳诸生，“为妖言以乱黔首”为罪名，下令追查诸生罪状，结果将犯禁的460余人，统统坑杀于咸阳。
