朋党之争，就会想到唐朝的牛李党争和明朝风起云涌的朋党之争。到了康熙时代，有人觉得康熙是不会容忍朋党之争的存在的！事实上，朋党之争在康熙执政的中期就有了。康熙时代朝廷中的“朋党”之争，与李光地的政治命运也有着密切的关系。
一是索额图党。
索额图是满洲正黄旗人，康熙初四大辅政之首索尼的第三个儿子，索额图的侄女又是康熙的第一个皇后、太子允礽的生母。他的三个兄弟中，两个袭封一等公，一个授一等伯。索额图本人很早就是康熙帝的亲信。在策划擒拿鳌拜的过程中，立下了汗马功劳，很快由一等侍卫提升为大学士，襄赞机务，成为当朝大臣中最大的实权派。聚集在索额图周围的，除其兄弟族人外，还有尚书介山、侍郎麻尔图、禅塔海、宜昌阿、额库礼、温代、邵甘等。
鉴于索额图的势力很大，康熙帝一方面提拔明珠来牵制索额图，又借十八年(1679年)七月京师地震之机，迫使索额图辞去大学士职务；进而又在二十三年(1684年)三月夺去索额图的内大臣、议政大臣和太子太傅等职衔。但索额图毕竟树大根深，加上办事“勤敏练达”，所以康熙帝于二十五年(1686年)又授予他领侍卫大臣职务。
索额图“于朝士独亲李光地”，之所以如此，是因为李光地是大子允礽的老师，而太子允礽又是索额图的侄女所生，这种特殊的关系使得索额图对李光地不能不敬重三分。但李光地并没有依附索额图。
二是明珠党。
明珠也是满洲的正黄旗人，出身门第不高，但却是个很有才能的人。康熙十二年出任兵部尚书，训练军队十分有方，后来转任户部尚书。十六年(1671年)七月，康熙帝将明珠从户部尚书提升为武英殿大学士，用以牵制索额图。明珠不像索额图那样倨傲，《方望溪全集纪徐司空逸事》记载他
“务谦和，轻财好施，以招徕新进及海内知名士”，
这使他很快赢得了政治声誉。为了加强与索额图斗争的实力，他与内阁大臣勒德洪、余国柱、李之芳相朋比，各部院则有科尔坤、佛伦、熊一潇、王日藻、塞楞额、薛柱斗等心腹。明珠势力大增又引起了康熙帝的警惕。
到康熙二十七年二月，康熙帝通过入直南书房的徐乾学、高士奇等人，草拟弹劾明珠的奏章，经康熙帝修改后，再以外朝的有关官员的名义上奏，不久，明珠即被罢去大学士职务，内阁中的勒德洪、余国柱、李之芳、吏部尚书科尔坤、户部尚书佛伦、工部尚书熊一潇、以及侍郎塞楞额、萨柱斗等，也同时被免职。
李光地与明珠的关系稍复杂一点。
明珠亦敬重李光地，《榕村语录续编》记载他曾说：
“李某是真人品，予所最敬者。他虽学士，予敬之过于大学士。”
李光地曾告诫明珠，务必慎交往，不可被小人利用。明珠也一度接受了李光地的这一劝告，闭门谢客。明珠又曾说过，别人来求我都是求升官，想当总督、巡抚，只有李光地来是求我成全他的孝心，让他回乡奉养老母。当明珠感到自已地位难保时，恰好李光地推荐的德格勒在康熙帝面前说要“除小人”，明珠急于自保，才一时迁怒于李光地，在康熙帝面前讲了李光地的坏话，但他随后又很快后悔了，表示要另选适当的时机在皇上面前称道李光地的功劳作为补救。明珠被罢免大学士的职务以后，担任领侍卫内大臣，李光地也不因他曾迁怒于自己而与他结怨，两人仍保持着正常的友善关系。有关康熙帝向陈梦雷打听李光地的情况一事，就是明珠在扈从康熙帝巡视永定河时告诉李光地的。
三是以徐乾学、高士奇为代表的“南党”。
南党基本上由江浙文人所组成。
徐乾学，字原一，号东海，江南昆山人，康熙九年一甲三名进士，授编修。迁侍讲学士，康熙二十四年入直南书房，擢内阁学士，充《大清会典》《一统志》副总裁。康熙二十六年，迁左都御史，擢刑部尚书。
高土奇，字澹人，靳江钱塘人，以监生就顺天乡试。由明珠荐入内廷供奉，“书写密谕及纂集讲章诗文”，被康熙帝倚为心腹，“权势日益崇”。徐乾学、高士奇结党营私，大肆贪赃，所以当时北京城内流行着“四方宝物归东海，万国金珠送澹人”的谣谚。
康熙帝在借助徐乾学、高士奇将明珠等人罢斥后，徐高二人顿时威势大增，朝廷内外，竟至
“畏势者观望而不敢言，趋利者复拥戴不肯言”。
恰好此时于成龙等受命复审原湖广巡抚行贿朝臣案，湖广巡抚在供词中提到徐乾学、高士奇二人也接受了贿赂。康熙帝叫于成龙不要株连。但此事一经揭出，徐、高二人顿感难堪，遂上疏请求免职罢归。康熙帝免除了他们在外朝的官职，但仍让他们在南书房“修书”。
徐乾学在当刑部尚书以前，一直觊觎着“掌院学士”的职务，因为按照清朝的惯例，从掌院学士就可以提升到大学士的职位上去，所以他一直盯着这个位置，看到其他汉族文人受到康熙帝的青睐，他就要设法把这些人一个个整倒。看到李光地从编修升侍读学士，再升内阁学士，他就已感到李光地对他的图谋的威胁，所以挑唆陈梦雷诽谤李光地。对于已经当上掌院学士的人，更急于将其罢免，以便空出位置。先是叶方霭任掌院学士，被徐乾学整倒；接着张敦复为掌院学士，又被徐乾学整得连降五级；张敦复下台，徐乾学到处布置安排，满以为可以当上掌院学士，但康熙帝偏又点中了李光地，这使徐乾学十分恼怒，在康熙二十七年将李光地整得好惨，十年后才得以翻过身来。继李光地任掌院学士的高立斋，为了自保，不得不依附徐乾学，每向康熙帝进篇文稿，都要先请徐乾学看过。