原标题：“神风”相助，日本与亚洲大陆之间的第一次决斗落下帷幕
（上图）日本武士乘坐小舟攻击蒙古战舰的情景
南宋的残余势力最终在1279 年被蒙古消灭，不久之后，忽必烈即命令长江下游各州建造600 艘战舰。他也开始与宋朝降将们拟定如何从中国起航进攻日本的计划。同时，忽必烈最后一次派出使团警告日本， 如果还不臣服于蒙古，1274 年的远征就将再次上演，并且规模还要更大。使团到达博多后很快就像之前的使者们一样被日本人处以斩首。
忽必烈在1281 年一月下达了再次远征日本的命令。由朝鲜半岛出发的东路军进军路线与1274 年相同，经由对马前往壹岐， 之后再到博多。江南军则从中国东南沿海地区起航，跨过近800 公里的海洋，直接驶向壹岐岛附近与东路军会合，其后两军一同登陆博多。蒙古大将阿剌罕作为两军的统帅随江南军出发，江南军本身则由汉将范文虎指挥。对蒙古人而言不幸的是，阿剌罕突然因病去世了，而在忽必烈任命的接任者阿塔海赶到之前，江南军便已经起航了。这一连串的不幸和延误遂使蒙古人两支部队失去了统一指挥，对于后来东路军和江南军在日本海的延误，这要算是一个主要原因。
1281年五月三日，东路军从朝鲜起航。可能是由于军队规模要比上一次远征更大，因此舰队前往对马所花费的时间要比1274年更多。舰队在五月廿一日和廿六日分别攻击了防御薄弱的对马、壹岐两岛。在对马岛上，宗助国之子宗重尚步其父亲的后尘，在与蒙古军作战时阵亡。《八幡愚童训》中对此仅记载了幸存下来的居民情况，而并没有记载蒙古军与日本守军的战斗。19岁的少贰资时率领大约100名郎党在壹岐海岸迎战蒙古军，但被后者战舰上搭载的弩炮所击退，少贰资时也在战斗中阵亡。
按照计划，东路军应在壹岐岛暂停行动，等待预计于六月中旬抵达的江南军与其会合后一同向博多湾发动进攻。但东路军指挥官忻都和洪茶丘却没有等待江南军抵达便先行率领舰队驶向九州，希望自行攻占博多。这是个非常鲁莽无谋的决定。也许蒙古此时并不知晓日军在博多海岸建起了城墙，但两次远征之间的7年间隔中，日本人也肯定已经向此处调集了大批增援军队，再加上1274年战役时日军所表现出的战斗力，任何明智的指挥官都会认清，只有集合起一支数倍于日军的大军，才能突破博多的防线。
（上图）1281年蒙古舰队的航行路线
东路军在六月六日即开始攻击日本，而且其攻击目标还不仅限于博多湾，同时还分派出300艘战舰越过下关海峡攻击本州岛最西端的长门国，以掩护自己的左侧翼，并使长门守军不敢对九州加以救援。这一行动虽然并未能给日军造成太大损失，但却在遥远的京都引发了一阵恐慌，一部分人认为既然蒙古人已经出现在了本州，那么九州肯定早已落入敌手了。幸运的是， 在流言扩散开来之前，长门守军便将蒙古人赶下了大海，后者只得撤回壹岐岛。
在长门受到攻击的同时，东路军主力则驶向了博多湾。日军对此早有准备，早在1280 年四月，奈良的幕府首脑们就在一封写给大友赖康的信件中告知对方，博多在未来仍将是蒙古入侵的首要目标。信中同时还强调，如果蒙古人再次入侵，那么御家人之间必须协调一致，共同作战。
在博多海岸上修建的石墙在战斗中也被证明是非常有用的工事，一些蒙古战舰靠岸后，立刻就遭到了石墙上的弓箭射击，无论是城墙上的步行武士还是在土坡上作战的骑马武士均能发挥自己手中弓箭的威力。虽然蒙古人所受的伤亡不大，但石墙却使其根本找不到能够登陆立足的海滩， 只能转而占领湾内的志贺岛和能古岛，准备以这两个岛为起点迂回城墙的侧翼。出乎蒙古人预料之外的是，日军没有坐等蒙古人发动进攻，而是主动向对方发动了攻击。志贺岛与博多湾海滩之间由一条宽度很窄的沙洲相连，日军便从此处突入志贺岛。夜幕降临之后，日军还会乘着小艇对蒙古战舰进行突袭，有些小艇将桅杆锯断，用作武士、足轻们登上蒙古战舰的跳板。有时日本人还会用铁钩钩住对方战舰，甚至那些找不到小艇的人，干脆脱掉铠甲， 带着一把刀便跳下海游过去参战。
在日军激烈的反攻下，东路军似乎是在精神上受到了不小震撼，虽然日军也在两天的战斗中精疲力竭，但东路军最终还是被赶回了壹岐岛。
1281年七月初，从扬子江出发的江南军抵达了日本海域。这支大军据称拥有多达3500艘战舰和10万名士兵。在与受挫的东路军取得联系之后，两军会合到了一起，开始进行战斗序列的重组。由于军队规模过大，两支舰队又并没有统一的指挥，重组工作耗费了将近半个月时间。直到当月月底，舰队才重新起航向日本本土推进。由于舰队已经获悉博多沿岸防御极为坚强，舰队目的地改航博多以西的鹰岛以避开石墙。
七月卅日，未等蒙古人登陆，鹰岛附近的日本守军再次先声夺人，对蒙古舰队发动了袭击，当夜整晚双方都在激烈战斗。这场战斗的情形与一个月前博多湾之战相似，日军分乘小船对蒙古舰队发动突袭。已经吃过日军突袭苦头的蒙古人采用了更为紧密的队形，以浮动的海城来迎战日军。虽然这种战术有效地遏制了日军突袭，但在后来“神风”的袭击中，密集舰队中船只的互相碰撞，却成为蒙古舰队覆没的重要原因之一。
就在日本人认为蒙古舰队攻陷博多和太宰府已经不可避免时，一场被日本人称为“神风”的台风却拯救了整个日本。马可·波罗的游记则使这一灾难性的事件成为第一件在欧洲家喻户晓的日本历史事件：
“正在此时，从北方刮起了一场大风暴，（蒙古）士兵们认为如果再不撤退，整个舰队就将毁于一旦。因此他们全体登舰，离开了该岛（鹰岛），驶向外海。这支舰队刚刚航行了四里，暴风便袭击了他们， 由于编队十分密集，很多船撞在一起，沉入了海底。”