太平军西征开始以后，经过一年的浴血奋战，攻取长江中游大片地区，威震两湖三江，但1854年5月在湘潭受到湘军的重创，以后的八个月中，且战且退至九江。此时曾国藩在给咸丰帝的奏折中扬言：“长江之险我已扼其上游，金陵所需米、石、油、煤等物，米路半已断绝。”又奏，湘军即将“肃清江面，直捣金陵。”咸丰帝大喜过望，命令各地清军“择扼要之区，截贼往来之路，与曾国藩声势联络，上下夹击。”在这危急关头，翼王石达开受任西征指挥，驰赴湖口前线，主持军务。
他此时最紧迫的任务是：
阻止湘军水师顺江东下，粉碎清王朝上下夹击的阴谋，以拱卫天京。
湖口是鄱阳湖注入长江的瓶颈，其左侧便是九江。这带实为七省通衢、三江门户的兵家必争之地。太平军据守此要冲，对湘军东下构成严重威胁。曾国藩必须先除掉太平军的湖口水师。否则，冒然东下便会腹背受敌，上下挨打。因此，湖口一战，势在难免。
1855年1月下旬，曾国藩令湘军水师进犯湖口。太平军从容应战。他们在湖口水道中流置数十丈大木横亘其间，炮船陆营，铁链篾缆，层层固护。湘军水师“百计攻之，终不能冲入排内”。而太平军则乘夜间有风，用三三二二的小船。堆积柴草，纵火下放，进行骚扰，使湘军多有死伤，“彻夜戒严，不得安枕”。
1月23日，湘军水师用重炮猛轰湖口大木排。大木排焚。翼王石达开即命士兵连夜将大船凿沉于湖口，并用砂石填塞，仅西岸留一狭小隘口。
1月27日、29日，湘军水师两次疯狂进攻湖口。其头目肖捷三等率战船一百二十余艘自长江冲入鄱阳湖，想乘势“肃清鄱阳湖以内”，消灭西征军湖口水师。因而，不虑归路，由北向南，长驱直入。石达开见敌人水师半已入湖，于是急将隘口堵塞，筑浮桥二道，扎紧颈口，使敌船不得再出。
于是湘军水师被截为外江内湖两部。当天夜里，在外江，太平军派出小划三、四十只，冲入湘军水师船营，陆军数千在两岸紧密配合，施放火箭喷筒，呼声震天。因湘军轻便快船大多被隔在内期，外江均为长龙快蟹等笨重战船，运棹不灵，无快船配合难以独立作战，只能被动挨打，一时间，战船被焚四十余只，未毁者仓皇挂帆，竟相逃命，败退九江。
2月11日深夜九江太平军又乘小划数十只，驶入湘军船隙之中，火弹纷飞，杀声震天。此时湘军已成惊弓之鸟，顿作慌乱，纷纷启锚逃窜。曾国藩虽严禁夜间开船，但令不能止，众船溃散。曾国 藩的座船也被太平军的小划包围，其管驾官刘盛怀、李之成监印官藩兆奎被击毙，座船被获。此时，曾国藩正在另一艘船上，见座船已失，投江欲自杀，被左右救起。
湖口一战，湘军水师基本上被摧垮。战后曾国藩“每闻春风之怒号，则寸心欲碎；见贼帆之上驶，则绕屋徬徨。” 长江中游大片地区，又为太平军所夺取。