康熙二十三年（1684年），安徽按察使于成龙奉命治理海口及下河，听从靳辅节制。
后来于成龙因为与靳辅治河理念不合，弹劾靳辅无缘无故开凿河道，使得当地百姓劳累困穷。
加上靳辅修建堤坝束水来抵挡海潮的发生，还将堤坝内那些干涸的土地进行丈量，然后用这些土地来代替赈工费用，发给当地农民栽种。
没想到，原来堤坝内那些土地已经被当地某些地主士绅霸占私吞。靳辅派人清理给赈工农民，对靳辅颇有抱怨。
于成龙的弹劾和当地士绅的指责使得康熙犹豫不决。于是康熙召靳辅、于成龙回京说明情况，并让朝臣们进行讨论，想想办法解决，结果全朝文武百官也众说纷纭、各持一说。
康熙帝还特意询问了籍贯隶属于淮扬地区的大臣们意见。侍读乔莱等人代表淮扬地区地主士绅阶层的利益，企图将那些干涸出来的土地占为己有，坚决反对靳辅实行屯田的作法，还向康熙污蔑靳辅，说如果按照靳辅的建议来，会对当地百姓的田庐坟墓造成巨大的伤损。
比如康熙不清楚具体情况，也认为靳辅有累民的倾向。
康熙二十七年（1688年），给事中刘楷、御史郭琇、漕运总督慕天颜等人提呈奏章，弹劾靳辅“屯田累民"。
但是靳辅治河有功，又是康熙的宠臣，康熙召靳辅过来进行询问，靳辅作为专业技术官僚，仍坚持己见。
康熙无奈，只能说其属吏奉行不善，招致民怨，引咎自责，由此靳辅被罢免革职。
而陈潢被误判为“屯田扰民”罪，被逮入京，后病死，一代治河奇才却因为朝堂斗争而死，令人惋惜。
靳辅自康熙十六年奉命治河，到二十七年罢任，前后十年间，基本上奠定了清朝治理黄河的规模，制止了大的水患。此后十余年间，主要是对治河工程加以修筑或改建，以巩固治河的成果。
靳辅被罢免之后，康熙以闽浙总督王新命代为管理河道总督。
王新命当河督三年以来，毫无建树。
康熙三十一年（1693年），康熙决定罢免王新命，重新起用靳辅治河。
但是同年十一月，靳辅病死，再次任命于成龙为河道总督，办理河务。
曾经的于成龙被罢免后的一段很长时间内，想通了很多事，也花力气学习了古人治理黄河的很多书籍，所以当他重新成为河道总督之后，一反此前对靳辅的敌对，全部按照靳辅的治河方案来治理黄河。
康熙好奇的问于成龙这件事，于成龙诚实的说：“臣彼时妄言，今亦视辅而行”。
几年后于成龙因病乞假，康熙命在任所就医。次年，于成龙死于任所。两江总督张鹏翮受命为河道总督，继任河务。
四川人张鹏翮，康熙二十八年为浙江巡抚，康熙三十七年为江南江西总督。
康熙三十九年（1701年），张鹏翮受命入辞，治河三年，取得显著成效。
康熙四十二年（1704年），康熙第四次南巡，再一次过来视察高家堰等处的堤工，乘船看着黄河南岸诸堤，不禁说道：“朕此番南巡，遍阅河工，大约已成功矣”。
不仅漕运畅通无阻，而且不会再出现黄水倒灌的局面。黄河两岸被淹的农田与土地，渐渐恢复耕作，黄河下游水患到此基本廓清。
康熙时期治理黄河，前后历时长达二十六年之久，主要是在下游修建堤坝御水，修复黄河故道，并没有真正的根治黄河中上游的水土流失。
但是在黄河连年水患的情况下，黄河下游能暂时的不溃堤，不溢出，漕运畅通有保障，对于稳定社会秩序，恢复农业生产，作用是极其重大的。
康熙在第五次南巡的时候，对臣下说：“初次到江南时，船在黄河，两岸人烟树木，皆一一在望。三十八年则仅见河岸。四十二年则河去岸甚低，是河身日刷深矣。自此日深一日，岂不大治!闻下河连年皆大熟，亦从前所未有也！”欣喜自豪之感溢于言表，足以可见康熙对黄河治理的满意程度。
