该草约被江浙绅商知道以后，引起了极大的愤慨，他们拒不承认合同，并决定自己成立铁路公司修建铁路，在浙江成立的是浙江全省铁路有限公司，原两淮盐运使汤寿潜被推选为“浙江全省铁路公司”总理。
修建铁路说来容易，做起来难，即使是现代也是一个非常大的投资，“浙江全省铁路公司”虽然经过各方动员，各界参与，据说连杭州城里的乞丐都参与进来，但依然相差甚远，至1906年5月，浙江全省铁路有限公司筹资400多万元，与投资额千万元依然相差很大，但此时中国的工程师已经勘察完毕，为了鼓舞士气，汤寿潜决定先建造一条自杭州江干至湖墅的铁路，这条铁路便是始于江边闸口站终于运河边拱宸桥站的江墅铁路（全长16.135公里），仅用了1年的时间，就竣工通车。
江墅铁路中途设置了三个站即艮山门、清泰门、南星桥，其中清泰门站由于靠近繁华的清泰门，因此成为重要的客运站，为杭州城站之前身，其具体位置在清泰门外东北侧300余米处，即今杭州市自来水公司清泰水厂位置。
江墅铁路的建成，极大的方便了杭州城市民的通行，随着沪杭甬铁路的全面建设，百姓对于清泰门站内迁的呼声也非常高，因为清泰门站在清泰门外，乘客要出城门才能乘坐，受限于城门的开关，非常的不方便。
到了1909年初，汤寿潜的女婿、著名学者马一浮遂向岳父建议，索性趁这次铁路修筑的机会，把清泰门站移入城内。汤寿潜也认为这个主意不错。
清泰门站移入城内可不是小事情，因为要破拆城墙，这对风水不好，但汤寿潜依然坚持在1909年的春节将清泰门站移入城内的奏折递交了上去，到1909年的4月才获批。
获得批准以后，汤寿潜派人勘测，最终选址在清泰门内南侧、羊市街北端。在建造火车站的同时，城墙也破出一个门洞，铺设轨道，专门行驶火车，1910年8月，新火车站落成，取代了城外的原清泰门站。因设在城内，市民们俗称它为“城站”，这也是很多外地游客感觉奇怪的地方之一。
杭州火车站的建成方便了市民，也促进了经济的发展，但对于杭州城墙来说，却成为了拆除的开端，人们对于拆城墙破坏风水的负担没有了，加上杭州城面积狭小，因此，其他城门也陆陆续续被拆除，不得不说是一个遗憾。
