3.1 正觉寺修缮（一期工程）
圆明园正觉寺修缮（一期工程）被列为北京市政府2000～2002年3.3亿文物保护专项工程项目，北京市文物建筑设计所受圆明园管理处委托，于2002年3月至8月完成修缮设计方案，并获得北京市及国家文物局审批（京文物【2002】第769号）。2003年3月，圆明园正觉寺修缮一期工程开始实施，工程范围包括修缮寺内遗留建筑物990平方米，即山门、文殊阁、东西五佛殿、东西配殿、西转角房以及东跨院辅房三间。2003年10月一期落架大修工程基本完工，利用北京市文物局抢险修缮专项资金650万元，共修缮古建面积990平方米。以下图13至图16为正觉寺一期修缮工程前后建筑对比图。
3.2 正觉寺复建工程（二期工程）
圆明园正觉寺复建工程（二期工程）是一期修缮的延续项目，工程范围为：复建建筑主要是三圣殿、天王殿、最上楼、东西六大金刚殿、钟鼓楼、东转角房、东跨院辅房、东西掖门及北院门，共计2659平方米。2003年3月至6月，北京市文物建筑保护设计所完成圆明园正觉寺复建设计方案并上报文物局。2003年9月16日，国家文物局在北京文博大厦组织召开《圆明园正觉寺遗址保护复建方案》专家论证会，与会7位专家罗哲文、余鸣谦、张忠培、王世仁、李伯谦、晋宏逵、吕舟对方案进行了审核，认为正觉寺复建基本符合《圆明园遗址公园规划》的要求，但要求进一步进行遗址清理、详细考证、补充复建依据，重新编制方案，另行报审。2004年9月，国家文物局正式批复圆明园正觉寺复建方案（文物保函【2004】1222号）。后因北京地铁4号线施工以及经费落实等原因延缓至2008年10月重新启动。
