而郭、张二人却按约定合攻集庆，朱元璋既已识破陈埜先诈降之计，却并未明言告知郭、张，以至“埜先邀郭元帅饮，杀之，擒张元帅献于福寿，亦杀之”，借刀杀人之后，朱元璋顺理成章的成为了最高统帅。
不过，郭、张虽死，却依然有两大阻碍横亘在朱元璋面前。一是郭子兴尚存一幼子郭天爵，是法理上的顺位继承人；二是郭氏旧部邵容、赵继祖等将领，并不从属于朱元璋。
郭天叙战死后，其弟郭天爵因年幼无力统军，所以，朱元璋在处置郭天爵时颇为直接，1358年七月，“右丞郭天爵谋叛，诛之”，朱元璋以阴谋造反的罪名，诛杀了郭天爵，丝毫未念姻亲恩主情谊。
但在处置邵容、赵继祖时，朱元璋颇费了番周折。朱元璋上位后，他所留下的权力真空由统率郭氏旧部的邵、赵二人顺位填充。这个时候新组建的军事集团实际已无郭氏影子，而是由朱元璋嫡系及邵、赵两军组成。
不过，借刀杀人和欲加之罪都已不能再用。义军渡江以后，所面对的主要敌人已不再是元朝官军，而是虎视眈眈的徐寿辉（后为陈友谅）、张士诚等人，这两地军事集团并不尊奉小明王号令，而是自成一体。
所以，朱元璋还需要倚仗邵、赵的军事力量。邵容虽然位居新军事集团的二把手，但实际并非朱元璋部属，而是在名义上与朱元璋同为小明王敕封的行枢密院同佥（地方军事负责人），二人属同事关系，有着共同的上级—小明王。
为此，朱元璋采取了三步走策略。
第一步是在行中书省名下设帐前总制亲兵都指挥使司，由徐达、常遇春等嫡系任职其中。参照元朝制度，行中书省为地方最高权力机构，枢密院为最高军事机构，但亲兵都指挥使司设置后，统兵权被分割，朱元璋横跨行枢密院和亲兵都指挥使司两处军事机构，权力天平开始倾斜。
第二步是以小明王名义，升邵容为行中书省平章政事，赵继祖为参政，以高官进一步剥离邵、赵对行枢密院的影响力，朱元璋则进位行中书省丞相。升迁之后，邵容对其直属军队控制力并未受到损害，因而并未察觉个中奥秘。但朱元璋和邵容等人的关系，却从同事变成了上下级，朱元璋得以合理调配邵、赵中下层军官。
第三步是改行枢密院为大都督府，节制内外军事，首任大都督为朱元璋的亲侄儿朱文正。而邵、赵二人部曲也多以升迁名义先后在大都督府和行中书省任职。
如此三步之后，邵、赵从过去控制一军的长官变成了全军的副统帅，看似权力扩大，实质却失去了对亲军的完全控制，不过邵、赵却并未对此产生警觉，反而在1361年八月带兵沿江而西大破陈友谅，1362年三月又平定处州叛乱，立下大功。
为了应对将来与陈友谅的决战，朱元璋急需完成对现有军事集团的独裁整合。1362年七月，熟悉的一幕再次出现，“平章邵容、参政赵继祖谋反，伏诛”。自此，朱元璋建立了由自己全权控制的军事集团。三、从大宋臣属到开国皇帝（1362—1368）：蛰伏隐忍，直击要害
1363年，鄱阳湖一战陈友谅败亡。同年，张士诚杀刘福通，小明王逃入朱元璋辖地，大宋政权名存实亡。然而，已具备开国建元实力的朱元璋，却摆出了一副蛰伏隐忍的姿态。
对于已成傀儡的小明王，朱元璋依然尊奉为主，听从号令，以大宋吴王的身份统军作战。对内，朱元璋却悄然开始了从军事集团到国家政权的改造。
首先是对军权的剥离。军权是历代皇权的最直接威胁，对此要害，朱元璋心知肚明。徐达、常遇春等宿将从亲兵都指挥使司调任中书省，原任大都督府都督朱文正，这位名义上的全权军事主官在1365年被朱元璋以“有罪”为由罢免官职，军务由4名大都督府断事官负责，调兵、统兵权就此分离。
此后，朱元璋又在帐前总制亲兵都指挥使司基础上，分设类似机构，即后来之卫所。
《明实录》载：“庚午，置武德龙骧豹韬飞熊威武广武兴武英武鹰扬骁骑神武雄武凤翔天策振武宣武羽林十七卫亲军指挥使司……至是乃悉罢诸翼而设卫焉”。
其次是建立系统的政务机构。起兵前期，义军的主要任务为军事作战，因此，虽然挂名中书省，但义军俨然还是军事集团而无完全独立的政务机构。
在军权改造的同时，朱元璋将新占领区改路为府，设大都督分府，宣布“贤人君子有能相从立功业者，吾礼用之”，以文人儒士充实各地军、政机构，政权颇具雏形。
在完成从军事集团到邦国的改造后，朱元璋开始着手处置自己名义上的君主—小明王。1366年，朱元璋邀小明王入应天府，途径瓜洲时，小明王沉江而亡，朱元璋扫清了自己建元开国的法理障碍。
此后，随着1367年对张士诚政权的军事全胜，坐拥江南半壁的朱元璋在向帝王跨越的这一步上，再无任何羁绊。1368年正月，朱元璋于南京称帝，建立明朝，用16年时间实现了从流浪汉到一代雄主的华丽转身。
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