由于西湖的存在，古代杭州城呈南北狭长形状，西面是西湖，南面和东面都是钱塘江，而凤山门则是杭州唯一的南门，因此也被称为正阳门。
三门合为一门
凤山门修建于南宋绍兴二十八年，宋高宗赵构是在绍兴二年逐步在杭州稳定下来，到了绍兴二十八年，政局稳定，于是赵构在凤凰山一带筑皇城。选择在凤凰山修筑皇城，是方便赵构在制高点掌控全局，另外一方面，凤凰山临近钱塘江，也方便外敌侵犯的时候从钱塘江逃走。皇城在修建，外城也要修建，同时修建了一座城门，就是嘉会门，也就是凤山门的前身。
细心的朋友会发现，在杭州地图上，古凤山门遗址是在南宋皇城遗址北面，为什么南宋皇城会在凤山门外呢？这是因为凤山门是在南宋灭亡以后重建的。南宋灭亡以后，元朝拆毁了杭州的城门，嘉会门也被焚毁。到了元朝末年，张士诚占领了杭州，重修杭州城墙，并将杭州城墙内缩，利用南宋皇城和宁门遗址，修建了和宁门、清平门、天崇门。
不过张士诚并没有占领杭州太久，很快朱元璋统一了全国，仍按照原有城门布置。到了嘉靖年间，为了抵抗倭寇，废天崇、北新、钱湖三门，改和宁门为凤山门，也就是现在古凤山门遗址所在的地方，所以南宋皇城就在古凤山门以南，在明清杭州城门外了。凤山门为南宋御街南端，旁有六部桥，为南宋三省六部诸官署所在地。
《御览西湖胜景新増美景全图》局部.清.容光堂摹刻
凤山门上的血雨腥风
凤山门作为杭州城唯一的南门，也曾经经历血雨腥风，第一次是在南宋时期，当时的凤山门不叫嘉会门，也不叫和宁门，而是叫双门。
靖康之变以后，宋朝皇子中只有赵构逃了出来，为了抵抗金兵的进攻，赵构在南京应天府（今商丘）即位，是为宋高宗，改元建炎。当时的商丘是抗金前线，赵构已经被金兵吓破了胆，金兵一有风吹草动，赵构就南逃，一路逃到了扬州，最后到达杭州。但赵构宠幸宦官康履和大臣赵渊，赵渊用朝廷的士兵运送自己搜刮的财产，导致抗金不利，引起了当时士大夫和众将士的不满，护卫赵构的苗傅和刘正彦更加不满，于是两人商量发动政变。
首先二人带军队埋伏起来，等待退朝而出的王渊，王渊还不知道怎么回事就被刘正彦拖下马杀死，两人来到双门城下，包围了皇城，而赵构也听到叛乱的消息登上了双门，苗刘二人见到赵构依然跪拜，不过胁迫赵构杀死祸国的宦官。赵构没有办法，听大臣们的劝谏，把康履从双门上用吊篮放下去，一到城门下，康履就遭到叛军的腰斩。
最后在苗刘的胁迫下，赵构退位，立赵旉为皇帝，太后垂帘听政。事实证明，苗刘兵变虽然最初是好的，但后来昏招迭出，勤王的队伍陆续到达，赵构复位，苗刘二人被被打败，在闹市被处决。
再次承受如此惨烈的激战，则要到明朝嘉靖年间，当时倭寇祸害东南沿海，浙江和福建两地损失惨重，胡宗宪作为浙江督抚，总制南直隶、浙、福等处军务，抗击倭寇。
为了能够及时发现倭寇进犯，胡宗宪于清波门南城上筑带湖楼，东南城上筑定南楼，凤山门西城上筑襟江楼，艮山门东城上筑望海楼外。尤其是凤山门上的襟江楼高二丈八尺，周十二丈，靠近钱塘江，能够及时发现，根据历史记载，明朝士兵曾经与倭寇发生激烈的战斗。最终倭寇被消灭，凤山门功不可没。
胡宗宪在朝廷里与严嵩交好，严嵩倒台以后，胡宗宪的下场也很惨，就连凤山门上的襟江楼，也扯上了干系，让地方官吏一夜间拆了个干净。
凤山门外跑马儿
不同时期的凤山门外，跑的马儿不同。南宋时期，经济较为发达，而凤山门外是万松岭，是连接西湖和江干的要道，这里风景优美，所以很多人都会骑马到这里踏青，相当于现在开私家车到西湖区游玩，和平时期跑的马儿都是踏青的马。
清朝时期，清军在湖滨一带建了座旗营，而在凤山门外修建了大马厂，也就是养马的地方，最初的八旗还是马背上的八旗，骑兵是主力，凤山门外的大马厂就是给骑兵提供骏马的基地。这个时候凤山门外跑的马儿是军马。
到了民国时期，兵营尤在，凤山城门拆了，养马依旧，只是此时的马匹已非驰骋沙场的的战马，而成了商家圈养用于出租给游客踏青赏景之用的娱乐工具。游客上凤凰山，上万松林去清波门，都可以租用，有马保儿相陪。
时过境迁，古凤山门一代已经成为了风景优美的景区，凤山门外跑的马儿也不见了踪影，只有遗址的石碑孤零零的矗立，提醒人们记得这里发生的风风雨雨。