此外，为了保护位于洪泽湖畔的明朝列祖列宗的祖陵，治理淮患的策略是优先考虑祖陵，其次考虑漕运，最后考虑民生。这样治理水患的策略，又改变了附近的河道，水流极为混乱。
明初成为，这些问题还没有暴露出来，到了明朝中晚期，大自然开始报复，旱涝灾害越来越多。仅在1589-1621这三十多年里，凤阳地区就发生六次较大的水旱灾害，普通灾害则是“凤阳十年九荒，非旱则雨”。
到了明末，灾害更为严重，凤阳成了著名的灾区，“十余年来无岁不灾，无灾不重”，仿佛时光倒转，又回到了元末。
朱元璋迁来大量移民，却无法保证这些人始终定居，随着灾荒加剧，移民的后代开始不断逃亡，凤阳人口又开始流出，动辄以万计算。以凤阳一县来说，万历六年，凤阳仅存13894人。
即使人口减少了，剩下的许多人也难以为继，一遇灾年，往往拖家携口外出乞讨，还意外带火了“凤阳花鼓”这一民间表演艺术。
时人有诗形容：前年寿州无雨泽，今年泗州决河口，我唱秧歌度歉年，完却官租还种田。 南来北往如飞燕，如此艰辛实可怜！
凤阳的农业经济崩溃了，在朱元璋政策扶持下，凤阳府耕地曾达到40万顷的高峰，不到150年的1502，耕地又回落到61200多顷。耕地荒芜，又无法退还成原先环境—— “凤、淮土广人稀，加以水灾，民半逃亡，二千里皆成草莽”。
随着时间推移，曾为著名水稻产区的淮北土质越来越差，已不适合种植水稻，到了清朝，地方志中记录为“不宜稻产”，小麦取代水稻成为主要作物。
生态环境破坏造成的后果，持续影响到近代，是影响到淮河流域经济发展的一个原因。朱元璋当初是一片好心，却没料到会为家乡带来生态灾难，造成如此后果，这是他做梦也想不到的。
