杨乃武被革掉了举人身份，但是他不认罪，本来就没有的事，他当然不会认。于是，余杭知县刘锡彤就把案子上报给了杭州知府陈鲁。陈鲁动用大刑，杨乃武屈打成招，药店老板被迫做下伪证
陈鲁和刘锡彤同是湖南老乡，关系非常好，处理案件也非常的粗暴简单，直接动用大刑，杨乃武几次昏死过去，熬不过去只好招认，是自己在爱仁堂药店买的砒霜交给了小白菜。
要说陈鲁也很“专业”，制造冤案也要制造的全套，他立马带人去爱仁堂药店，找到了老板钱宝生。钱老板一听非常惊诧，因为他的店铺从来就没有卖过砒霜，而且，案发的前几天，杨乃武去了外地，根本就不在家，怎么可能去他药店买东西。
在陈鲁的威逼之下，钱老板违心的写下证词，证明就是杨乃武在他药店买的砒霜。
人证，物证、口供，全齐了，陈鲁就把案件上报到了浙江省按察使那里。
官官相护，冤案定案，杨乃武姐姐被迫上京告御状
浙江按察使接到案子后，虽然看出有些疑点，但是他并不想趟这个浑水，于是把皮球踢给了浙江巡抚陈昌浚。
陈昌浚是个官场老油条，冤不冤的他不在乎，他在乎的是不是有人给他送钱。那刘锡彤早就把他喂饱了，陈昌浚派了一个后补知县去简单的走了一个过场，刘锡彤好吃好喝的招待了一番，后补知县拍着肚子回去了，并向巡抚表示，这个案子，没毛病。
陈昌浚很满意，他要的就是这个结果，很快，这个后补知县就转正了，就任黄岩知县，一下子就由非领导职务变成了正处级实职干部。
随后，浙江巡抚陈昌浚大笔一挥，结案！杨乃武与小白菜因有私情，联手害死了丈夫葛品连，案子上报朝廷，只等皇帝审批，秋后问斩。杨乃武姐姐上京告御状，得到贵人相助
杨乃武姐姐知道弟弟是冤枉的，于是他到处收集证据，打算上京告御状。
第一次，他将状子递到了都察院，结果，都察院例行公事的把案子又转给了浙江巡抚，让浙江巡抚重新审理。这不是天大的笑话吗。估计陈昌浚看到这个转下来的公文，做梦都能笑醒了，小样，和我斗！哼！
陈昌浚又把案子转给了杭州知府陈鲁，陈鲁翘着二郎腿问：“杨乃武，你不是要告御状吗？你告啊，你不还是落到老子手上了吗？怎么样，承不承认有私情，承不承认是你害死了葛品连”。
杨乃武吞下了自己的泪水，默默的点点头，全部承认。这种情况下，不承认又能有什么办法。
杨乃武的姐姐不甘心，第二次又进京。这时候，这个案子已经过了3年了，但是这次峰回路转，杨乃武的姐姐遇到了两个贵人。
第一个就是红顶商人胡雪岩，胡雪岩知道了杨乃武的冤情后，首先拿出了200两银子资助，同时又呼吁在京的浙江籍官员为杨乃武平反。
第二个就是《申报》，是由外国人在上海创办的报纸，它全程报道了杨乃武和小白菜案，并且把杨乃武姐姐收集到的证据全部刊登到了报纸上，引起了巨大的轰动。
这个事，引起了当时任户部尚书兼都察院左都御史翁同酥的注意，翁同酥是光绪皇帝的老师，当时的地位就相当于国家财政部部长兼国家最高检检察长。在翁同酥的干预下，这个案子被发回重审。
两次重审，两次维持原判，引发18名在京官员联名上奏
案件发回重审，第一次主持审判的是湖州知府锡光，很不巧，他也是刘锡彤那边的人，故意拖着不办，想把当事人都拖死在狱中。
他这个行为被都察院给事中王书瑞发现了，王书瑞上奏弹劾。朝廷二次派人审判。
第二次负责审判的是胡瑞澜，当时任礼部侍郎兼浙江学政，也就是文化部副部长兼浙江省教育厅厅长。太不幸了，他也是湖南帮，由此可以想象，湘军真的是控制了整个朝廷，随便派出一个就是湖南帮的人。
结果很明显，胡瑞澜宣布维持原判。
这时候，在京的浙江籍官员发回了作用，也许是湖南帮实在是太无法无天了，18名浙江籍在京官员和翁同酥一起，联名上奏朝廷，要求此案由刑部亲自审理，也就是说，这个案子由公安部挂牌督办。三司会审，案情终于大白天下
慈禧太后批准后，在翁同酥的主持下，刑部、都察院、大理寺三司会审，这三个部门就相当于现在的公安部、最高检、最高法院。
杨乃武和小白菜等全部涉案相关人员被全副武装的送到京城。在国家最高审判机关这里，杨乃武和小白菜全部推翻了之前的口供，大喊冤枉。
1876年12月9日，三司决定开棺验尸。葛品连的尸首被紧急运到京城，在仵作的仔细查验下，宣布，葛品连并非中毒而死。
案情大白天下，杨乃武和小白菜被宣布无罪。
是否平反，难以决断，御史一道奏折，让慈禧下定了决心
案情明了了，但是是否给与平反，湖南帮和浙江派又展开了拉锯战。双方旗鼓相当，一时难以决断，这个难题上交给了慈禧。慈禧也是犹豫不决。
这个时候，都察院御史王昕给慈禧上了一道奏折，弹劾浙江一众官员。在奏折中，王昕写道：“陈昌浚等人结党营私，目无朝廷，简直就是不把太后放在眼里，迟早是个心腹大患”。
由此，慈禧下定决心，给予平反，并大肆处理湖南籍官员。浙江官场大地震，小白菜出家为尼，杨乃武种桑养蚕
慈禧一道懿旨下去，浙江官场大地震开始，全部涉案人员，流放的流放，罢官的罢官，对湘军集团来了一个沉重的打击。
余杭知县刘锡彤被革职，发配黑龙江宁古塔。验尸官仵作沈祥杖打10次，并判刑2年；
将浙江巡抚杨昌浚、礼部侍郎胡瑞澜革除职务，永不录用。整个案件涉及的大小官员一共130余人。
事情结束后，慈禧专门宣小白菜进了一次宫。慈禧看着这个穿着粗布粗衣的农家女，轻声的说：“你可知道，我就是为了你，一次性处理了100多个官员”。
