康熙命自己二哥裕亲王福全为抚远大将军，皇长子当副手，出古北口；五弟恭亲王常宁为安远大将军，简亲王喇布、信郡王鄂札当副手，出喜峰口；接着，康熙自己又率军出古北口，准备亲临前线，指挥战斗。
尽管康熙后来因病返京，未能亲自指挥这场平叛战斗，但由于准备工作周详，清军还是在乌兰布通大败噶尔丹，只是福全指挥不当，使噶尔丹率残兵逃回科布多。
在这次安顿喀尔喀蒙古和反击噶尔丹叛乱中，内蒙古各部落从清廷调遣，不但拿出大片牧场，而且还派出大量骑兵配合清军行动，积极参加反击噶尔丹的战斗。
康熙为进一步加强清政府对大漠南北各蒙古部落的管理，防止噶尔丹卷土重来，决定举行蒙古各部落会盟。会盟定于多伦诺尔举行。
康熙三十年（1692年）四月十二日，玄烨率领皇长子、三皇子及各部院大臣，再次出塞北巡，于四月三十日到达多伦诺尔。这时，咯尔喀三汗及漠南四十九旗札萨克(即旗长)，已经按照理藩院的指示，恭候在多伦诺尔。五月二日，在理藩院官员的引导下，分左右两列朝见康熙。第二天，康熙赐宴蒙古各部落首领，再次召见喀尔略蒙古土谢图汗、车chen（臣）汗等三十五人，接受他们提出的“请视四十九旗例，编立佐领”的请求。
康熙说：“尔等都是亲兄弟，却相互侵夺，召至侮辱，导致全部溃散。要不是有四十九旗札萨克，将你们众人收取，你们部落早就全部散亡了。朕……不忍视你们部落灭亡。这才将你们附置清朝边界内，给予你们赡养。……希望以后，你们能倾心感戴，所以特地恩施给你们，俾与四十九旗同列，以示一体抚育。”接着，下令革除了喀尔喀诸首领旧有的蒙古封号，除保留土谢图汗、车chen（臣）汗的汗名号外，其余一律按清王朝的封爵制，封为王公、贝勒、台吉等爵，各授札萨克，编佐领，同时又赏赐他们银币、牲畜，并且单独发仓粟，赈济所属贫户。
从此漠南、漠北和额鲁特彻底臣服于康熙，成为清朝忠实的藩篱。
