扈尔汉出身于满洲古老姓氏佟佳氏，家族世世代代居住在雅尔古寨，父亲扈喇虎是努尔哈赤的妹夫。早年时期扈尔汉的父亲扈喇虎与族人发生了冲突，被迫离开部族归顺了努尔哈赤。1583年，努尔哈赤以祖、父所遗留的十三副铠甲誓师起兵，开始了统一女真各部的征程。仅过了6年，努尔哈赤已经差不多统一了建州女真等部，当时扈尔汉已经13岁了，而父亲又去世得早，努尔哈赤对自己的这位外甥特别喜爱，就把他收为养子。为了报答努尔哈赤的养育之恩，扈尔汉誓死效忠努尔哈赤，每次作战都冲在最前面，深受努尔哈赤的赏识。
海西女真四部之一的乌拉部是努尔哈赤统一女真道路上一块棘手的绊脚石，当初瓦尔喀部蜚悠城主策穆特黑不堪忍受乌拉部的欺辱，请求归顺努尔哈赤，努尔哈赤便派弟弟舒尔哈齐与儿子褚英、代善、扈尔汉等人率领三千人马前去迎接，却不想遭到了乌拉部的堵截和追杀，当时扈尔汉浴血奋战与褚英和代善一同击退了乌拉部。此后，扈尔汉在剿灭乌拉部的战争中立下了赫赫军功，被努尔哈赤赐号"达尔汉"。
1616年，努尔哈赤在赫图阿拉城称汗，建立大金政权，史称后金，年号天命。努尔哈赤随后对手下将领进行了赐封，扈尔汉凭借多年战功与额亦都、费英东、何和礼、安费扬古等人一起被封为开国五大臣，扈尔汉执掌满洲镶白旗。
扈尔汉一生的高光时刻是在萨尔浒大战之中，当时努尔哈赤基本统一了女真各部，成为明朝在辽东的巨大威胁。于是，明廷派杨镐率领四路大军前去征讨努尔哈赤，扈尔汉与其他众贝勒先是击破了杜松、马林等部，后来董鄂路的明将刘綎孤军深入，但是刘綎是一位作战经验十分丰富的将领，而且作战勇猛，素有“晚明第一猛将”之称。当时，牛录额真托保阻挡不住刘綎的进攻，初战不利，扈尔汉与托保合兵一处后东西夹击，将刘綎部属团团围住，刘綎力战不详战死于沙场。
随后不久，扈尔汉又随努尔哈赤拿下了沈阳，击败了明朝总兵贺世贤，天命八年(1623)，扈尔汉病逝，终年48岁，养父努尔哈赤感念扈尔汉的功劳，亲自参加丧事进行吊唁，以尽哀思。究其一生，佟佳·扈尔汉不失为一名勇猛的后金战将，在努尔哈赤早年创业时期做出了突出的贡献，立下了赫赫战功。