雍正设立军机处的时候，起初军机大臣并没有严格的等级划分，像张廷玉、鄂尔泰乃至后来的蒋廷锡、海望、纳延泰等人，一律都叫军机大臣。乾隆即位后，才渐渐有了领班军机大臣、军机大臣的区分，这种等级制度大致也是那个时期开始的。
乾隆中期，军机处才有了正式的上下等第之分，地位最高的领班军机大臣，通常是满人，汉人作为领班军机大臣在乾隆六十年中只占了八年。除乾隆皇帝和嘉庆皇帝继位后建立的过渡班子外，没有任命过宗室王公担任过领班军机大臣，但后戚有时担任此职，如讷亲，他在乾隆十一年至十三年出任领班军机大臣；傅恒，从乾隆十四年至三十五年作为领班军机大臣达二十多年。
领班军机大臣是军机处的执行负责人，要负责大多数上谕的撰拟、携带印钥，这些职责使他掌控内廷通信管理的许多方面。除参加皇帝一早召见全体军机大臣商讨当日奏折的会面外，事后领班军机大臣还会被召见，后面的这种非正式会面称为“晚面”。
乾隆十四年（1749年），皇帝发布上谕，减轻傅恒的职责，让他只是钤盖军机处印信而已。在乾隆朝，公认领班军机大臣是文臣极品。领班军机大臣的选择首先要看他担任大学士的年限，接来下再看他大学士的殿阁衔。因为是皇帝授予大学士殿阁衔，因此可以随意赏赐更高级的殿阁衔以擢升宠臣。
但即便如此，大学士的年限一直都是领班军机大臣的硬性规定。我们知道，乾隆晚年最宠信的就是和珅，可和珅在军机处的地位一直排在阿桂之后。尽管说阿桂在军事方面强于和珅，但他出任大学士比和珅差不多早了十年，结果他担任领班军机大臣二十年。直到阿桂去世后，和珅才有机会。
当然了，这里面还牵涉到满汉之分，如张廷玉身为大学士就比鄂尔泰早了好几年，但他并没有担任领班军机大臣，而鄂尔泰直至去世前一直是领班军机大臣，其他满人继承此位置，先是讷亲，接着是傅恒。尽管张廷玉事实上是军机处的领袖，但他在日，正式任命汉人为领班军机大臣的时机还不成熟。
领班军机大臣和军机大臣在等级、尊卑上的区分也是十分明显的。在廷寄中，领班军机大臣是不能写全名的，只能写出头衔和姓，而其他人则必须是全名，这也是军机处等级区分的重要表现之一。
对于军机大臣的任命问题也必须要简单介绍一下，除了一些特例，军机大臣的任命一般来说限于京官文职正二品即以上，通常是大学士（正一品）、各部尚书（从一品）和侍郎（正二品），当然偶尔也有其他机构的高层人员被任命为军机大臣。
乾隆皇帝也常常起用后戚，任命那些不觊觎皇位且又忠诚、可信赖的皇后家人。如富察皇后的弟弟傅恒，以及傅恒的三个儿子——福隆安、福康安、福长安。他们加起来一共在军机处任职达65年之久。另一外军机大臣兆惠是雍正皇帝生母的侄孙，班第是额驸。
乾隆皇帝在军机大臣的任命上偏向满人。有人做过统计，乾隆一朝，军机处满人人数有四十四年超过了汉人（占75%），而汉人超过满人的只有两年（占3%）。在余下的十三年间，双方人数相等。从整个乾隆朝任职的时间看，大约满人占三分之二，汉人占三分之一。
军机大臣大多来自部院堂官，即尚书、侍郎擢升为军机大臣。供职军机处时，这些人常常保留他们部院的职位。有时，被任命军机大臣的大学士会升任管理部务大臣，这也是为了强化军机处与各部的联系。
因为军机处始终是一个非正式机构，所以军机大臣拥有许多兼职，从某些方面来说，军机处的发展是以牺牲外朝为代价的，最终也形成了皇帝与外朝日益疏离，而对内廷军机大臣依赖有加的局面。