和硕特汗国本身是由若干个蒙古部落组成的汗国。各部落的酋长、头人见清军声势浩大，于是纷纷向清朝表示臣服。罗卜藏丹津本来也想向大清求和，但是雍正帝偏偏宣布不接受罗卜藏丹津的求和，山穷水尽的罗卜藏丹津只好逃到准噶尔汗国那里避难。不过，在乾隆时期，随着清朝灭亡准噶尔汗国，罗卜藏丹津还是落到了清朝手里。
而这一战，也彻底灭亡了和硕特汗国。并且，由于清军的讨伐和战争的冲击，和硕特汗国各部元气大伤，无力和朝廷对抗。雍正朝廷设立“西宁办事大臣”，负责处理青海的事物，分化青海各部的力量，就这样，青海开始被清朝实际控制，直到清朝灭亡。
