建文帝朱允炆在位仅4年，却开启了明朝初年削藩的政治举措。洪武三十一年，周、代、湘、齐、山民王皆降为庶人。召辽王还京师，削去宁王朱权护卫。朱允炆削藩引发诸王不满，给燕王朱棣以可趁机制，终于导致了靖难之役。朱棣之所以能地发动靖难，并获取成功，其“合法性”皆取自朱元璋的《皇明祖训》。
朱棣即皇帝位后，在即位诏书中，继续搬出《祖训》，自称不得己：“肤为高皇帝嫡子，祖有明训‘内有奸恶，王得兴兵讨之’，肤尊奉条章，举兵以清君侧之恶，盖出于不得己也。”
虽然朱棣以武力获取皇位，虽然朱棣以《祖训》为托辞，虽然登极后一反朱允炆夺爵的做法，对诸王施以恩德，笼络诸王，以此制造自己继承皇位的合法性，但是随着权力的稳固，朱棣营造了一个告发盛行的政治氛围，使诸王时刻处于被监视和被弹勃的境地，如履薄冰，继续奉行建文帝的削藩政策，其手段更为多样和高明，诸王政治权力和军事权力在永乐一朝被削弱殆尽。
通过将藩王从边镇迁到内地来削夺诸王军权。首先是朱棣即位当年，谷王由宣府迁国长沙，宣府三护卫，只将其中一护卫改为长沙护卫，仍隶谷王府，其余二护卫分别派往保定和定州。之后，永乐元年，宁王朱权迁国南昌，理由是“大宁兵戈之后，民物凋耗”；同时改南昌左卫为南昌护卫，隶宁王府，原先宁王的营州左中右三护卫却未跟随，分别被改为隆庆左右卫及宽河卫。永乐二年，辽王朱植从边镇广宁迁国内地荆州，于此同时，辽王原来的三护卫留在了广宁，而从荆州另外调给一护卫。此外，永乐二十二年，朱棣还将已封在开原但一直没就藩的韩王改封在了平凉。
罗织藩王罪名，借机削夺王府护卫，是朱棣削藩的一个重要手段。
永乐元年六月，代王朱桂因“上违《祖训》，下虐军民，无君无兄，大逆不道”，被革去三护卫，仅给校尉三十名作为随从。因王悔过，于永乐十六年恢复护卫及仪卫司官，应是仅恢复官员设置，而没有给还三护卫。山川社翟祭祀则直到宣宗即位后，方才获允恢复，家财方才给还。山民王朱梗先后两次因罪被革护卫，第一次是在永乐元年九月，山民王朱梗有罪，被革去云南左中前三护卫；后来大概亦因表现良好，曾一度恢复护卫，故有了第二次被夺护卫的处罚。永乐六年正月，山民王朱梗因“慢侮无礼、屡训不俊”，再次被削去护卫官军，仅留校尉百人，且罢其长史司审理等官。永乐十年，辽王朱植因罪被削去护卫及仪卫司，给校尉三百人使令。周王朱楠作为朱棣胞弟，也在所难免，由于永乐十八年，朱楠被告发有不轨之事，且被召入京，朱棣刻意“优容不问”，但己经足够使朱楠战战兢兢。因此，朱楠还国后，立即主动上纳三护卫以示忠诚，朱棣从之。
将涉嫌谋逆的亲王夺爵，除去封国，是朱棣削藩的另一重要手段。
永乐四年，齐王朱搏因谋不轨被夺爵降为庶人，封除。朱棣命山东都司、布政司及按察司革去齐府青州中左二护卫及齐府长史司、仪卫司官军校尉，分别调往附近卫所。永乐十五年，谷王朱穗因谋逆罪被削爵为庶人，护卫及长史司衙门被革。
如何剥夺藩王的军事指挥权？
朱棣首先逐渐改变亲王节制将帅的格局。在洪武时期，诸王带兵打仗，节制公侯，乃军事统帅。朱棣即位后，为改变这一格局，开始逐步削弱诸王的军事权力。早在建文四年七月，朱棣在给崛王朱梗的信中便流露此意，要求崛王凡事要与朝廷所遣都督商议：“今遣都督袁宇赴云南整肃兵备，镇抚一方，凡事可与计议而行。夫藩屏至重，贤弟宜慎出入，谨言节饮，庶诸夷有所瞻仰，而不负兄之所望。”改变过去太祖时期亲王节制将帅的格局。
其次，永乐一朝，诸王己经不再参与任何军事战斗，原先的军事指挥权也不复存早。这表现在，凡有征战，朝廷不再派遣亲王出征，而是仅命令王府派出护卫听朝廷调遣。如永乐四年，朝廷遣西平侯沐最兴师安南，朱棣救蜀王于成都三护卫选步军_5千，听沐最操练听征。永乐七年，交队叛寇，朝廷派遣英国公张辅征剿，除了全国各都指挥使司发兵外，楚、辽、宁三王府也共发兵7千人随征。同年九月，又命宁阳伯陈憋选练陕西属卫及庆秦二王府护卫步骑万9千，江阴侯吴高选练山西及晋王府护卫步骑万5千，命中周楚二王府护卫选步骑兵，各赐钞给行粮，明年二月至北京随征。此外，亲王也不再负责操练本府军士，一切由朝廷负责安排。永乐十三年十一月，朱棣命周王朱楠、肃王朱模、晋王朱济横、秦王志堰各于护卫选步骑兵五千，明年正月赴真定，有朝廷派人统一操练。
朱棣削藩主要是以解除兄弟诸王的军事权力为核心展开，经过朱棣的推行，诸王权力一落千丈，但仍是一次不彻底的削藩，永乐二年，朱棣册封第二子朱高煦、第三子朱高燧分别为汉王和赵王，汉王与赵王仍设立三护卫，皆参与军事战斗，拥有军事指挥权。整个永乐一朝，许多王府仍保留了一定数量的护卫，为今后留下了隐患。