眼看部下一个接一个阵亡，见惯大阵仗的吴三桂也被打得胆战心惊，有心拉回部队却动弹不得。
但毕竟明军人少，战至中午，双方都已筋疲力尽。清军又得到后军接应，付出惨重伤亡后，吴三桂终于得以撤出战场。
李定国也同样无力再战，率领残兵撤往孟定。晋王本有希望继两厥名王后，达成三杀清朝王爷的壮举，磨盘山的羊肠小道上，留下明军永远的遗憾。
战后清点，仅高级将佐，清军在磨盘山一战损失就达20位，其中包括正一品都统沙尔布、正二品副都统拜察、珲津、多颇罗、正三品护军参领石汉、图丹这样的高级别将领，仅次于衡州之战。
八旗精锐伤亡惨重，事后顺治十分恼火，下旨将征南将军卓尔泰革职为民，多尼、罗可铎、杜兰等统兵将领也都遭到罚银、降职等处分。
明军拼死击退清军，伤亡同样巨大，将领窦民望、王玺等都战死，士兵损失达到三分之二。
磨盘山一役虽然给清军造成很大杀伤，但明军也已是强弩之末，尤其此战受到惨烈伤亡后，更加无力阻挡清军后续的进攻。
再说说影响。
从整体看，此战意义其实有限，仅仅稍微迟滞了清军进攻的脚步，对大局的影响已微乎其微，明朝的一点余脉，已如风中之烛，随时可能熄灭，清朝一统天下的脚步已不可阻挡。
真正的意义来自精神上，李定国抗清最后一战虽然悲壮收场，却一点无损此战被后世所铭记，全体将士在绝境下的抗争更为人们所传诵。
作为明末最杰出的明军统帅，李定国在兵力弱小，国势已颓的情况下，仍能因地制宜，设下完美伏击圈，并在叛徒出卖情况下仍然打出一场勇猛的阻击战，再次证明他在军事上的一柱擎天，相比晋王孱弱的政治和战略能力，统兵作战、临阵战术才是他真正所长。
但在清朝已呈压倒性优势之下，李晋王也终究无力回天了。三年后，永历被缅王献给吴三桂，绞杀于昆明篦子坡，李定国下令全军缟素为永历发丧，大哭至双目流血，十几天后就在勐腊去世，享年四十二岁。
临终前，他嘱咐部下：宁死荒外，勿降也！
此战也是明清战争史上，最后一场陆地上的大战，时人有诗形容：
