史料记载，联军从25日兵抵巫山县城后，便不分昼夜进行攻打。清军在还击的同时，并没有一味困守城池，而是派出多支精干部队袭击义军粮道。时间一长，义军战士饥疲交加，战斗力大打折扣。这时，李国英突然派兵出击，对义军展开了凌厉的反击，一连击破义军七处营垒，杀死义军战士约达七千人。联军损失惨重，被迫退兵。在这之后，随着清军援兵的陆续开来，夔东基地日渐缩小，许多义军战士丧失了信心，纷纷率部投敌。到了康熙三年二月，夔东十三家只剩下李来亨一支抗清武装。史料记载，清军曾对李来亨据守的茅麓山发动过多次攻击，但每次都被打得丢盔弃甲。无法，清军只好采取围困之策。但夔东地瘠民贫，清军难以就地取得补给，只能从外地转运。茅麓山峭壁嶙峋，牲畜行走其间亦跋涉艰难，只能大量征调人力。后来，京城但凡谈论某事艰难者，常言六个字，“又上茅麓山耶！”
八月初，义军囤积在茅麓山的粮食吃光，军心开始浮动，投敌之事屡禁不止。初四，义军紧绷的神经终于崩溃，总兵陈经打开寨门降清。李来亨见大势已去，毅然举火焚寨，然后自缢而死。传言，和他同时就义的还有李自成的皇后高氏。不过，据王夫之的《永历实录》以及查继左的《罪惟录》记载，这位并未就义，李来亨临死前将她托付给了表舅高守贵。后来，她随高守贵投降了清朝，并最终老死敌营。
参考资料：《明史·李自成传》、《清代档案史料丛编》、《巴东县志》、《李来亨列传》
