另外，从各地招募的水手可以满足战船正常航行需要，但一旦发生海上战争，这些水手绝大多数没有经过专门的海战训练且忠诚度较低。
第一次入朝作战的日军有158000名用于地面作战的武士和足轻，但水军仅有9200人，这个数字甚至不如鼎盛时期村上水军一家兵力。
由于1588年丰臣秀吉颁布的《海贼停止令》，各地海贼停止抢掠行为，实际上这些海贼，更多时间里充当的是海上收费站和运输队的任务，丰臣秀吉强行以行政手段打压海上势力，使得日本尤其是内海的物流运输遭到重大影响，海贼势力渐渐退出历史舞台。许多人偷偷加入了藤堂高虎，加藤嘉明，胁坂安治等人的水军参与远征，但更多的人选择就此从良，过上了沿海打渔经商的平静生活。
虽然《海贼停止令》旨在结束海贼势力在海上的敌对行动，从远期来看是对日本有利的，但战时年代，《海贼停止令》迫使富有经验的海贼们不得不为了谋生而放弃海贼身份，对于急需用人的丰臣秀吉来说，这是不利的，而在远征军中，除去九鬼嘉隆外，唯一一支成建制参与入朝作战的正是来岛通总的来岛水军，彼时来岛通总被编入由四国大名组成的第5番队。
