后世最大的争议，莫过于张居正与李太后、冯保之间的关系
古人给宰相的作用定了八个字，叫“坐而论道，协理阴阳”。坐下来讲道理，按今天的话说，就是制订方针政策；协理阴阳就是从宏观上平衡各方面的关系。宰相如果过分地关注具体的事务，其总揽全局的能力就会削弱。说得直白一点，宰相就是要善于用人，而不是善于做事。让能人去做事，自己管理能人，这才是良性的互动。
说到张居正的用人，主要是他怎样培植改革的精英团队，组成一个强有力的领导班子。但是，要想改革成功，仅仅有一个精英团队还不够。毕竟，张居正不是皇帝，他可以掌控自己组建的精英团队，但他同时必须更为慎重地处理与皇室的关系。明史学界有一种说法，万历新政的成功取决于三个人：一个是张居正，一个是皇帝生母李太后，还有一个是大太监冯保。将这三个人称为权力铁三角。
这三个人，李太后代表的是皇权。因为当时皇帝小，入主乾清宫时，李太后作为他的监护人，同时住了进去，在那期间，几乎皇上所有的旨意都要经过她点头；张居正代表的是相位，是朝廷文官系统的一把手。用公司的架构来比喻，李太后行使的是董事长的权力，张居正行使的就是总经理的权力。这两个人之间的桥梁，就是司礼监掌印冯保。
和这样两个人搞好关系，形成共识，对张居正来说，是一件非常困难的事情。先说冯保，他有“笑面虎”之称。表面上笑呵呵的，内心里却常藏杀气。他有仇必报，又很贪财。但冯保也有一个优点，对内廷的掌故非常熟悉，对整个公文的制度也了如指掌，而且，还能够约束部下，顾全大局。在他执掌东厂期间，除了想借王大臣案对高拱下毒手，几乎没有滥用职权、制造大冤案。
冯保的性格很复杂，如果张居正书生气十足，像海瑞那样嫉恶如仇，则根本无法与冯保相处。一旦得罪了冯保，就会失掉和太后、皇帝联系的纽带。
张居正知道这一层利害关系，因此，对冯保多有迁就，甚至对他收受贿赂，也是睁一只眼、闭一只眼。这一点，曾引起很多人对他的垢病。但他不这样不行，单纯做好人，他可以不搭理冯保，与之划清界限。但是要做一个好官，为朝廷和老百姓办点实事，他就不能这样了。他必须委曲求全。
张居正明白，和冯保这样的人打交道，不但要有理有节，还应该有通有变。用今天的话说，就是“同流不合污”。
有这样一个故事，一个官员向冯保行贿，想谋得两淮盐运使这一肥缺。冯保便向张居正推荐这个人，张居正明知道这个人是贪官，也知道冯保收了他的贿赂，他仍一口答应。这令他的精英团队大不理解。有人质问他：“你不是要反腐败吗？为什么还要重用一个腐败分子？”张居正说了一句话：“如果我用了一个贪官，换回来的代价是能惩治更多的贪官，这个人你用不用？必要时，宫府之间就得做点交易。”
宫就是宫廷，大内；府就是内阁，内阁在明代称之为政府。在整个明代，宫府之间矛盾都比较突出。导致国家和老百姓都吃了很多苦头，甚至产生动荡。所谓高层的政治，既有皇权与相权之争，也有外相与内相之争。
张居正笼络冯保，并不是一味牵就，有时也采取牵制与约束的态度。大内的财政从来就是一本糊涂账。二十四监局个个都有敲诈勒索的渠道，以及鲸吞公物的方便。宦官监守自盗，即使被人告发，外廷的司法机构也无权干涉。须得太监的自身机构内官监或东厂处置。但这些机构常常缺乏秉公执法之人。因此，太监们的特权往往大于外廷的官员。
京城各大寺庙道观的大施主，一般都是官里头的朱衣太监。所谓朱衣，就是监局一级掌印太监穿衣的品级。当时京城里的某人，如果炫耀说：“我在宫里头有人，”即表明他是一个有能耐的人而令人羡慕。
张居正上任后，很想治一治大内的种种不法行为，特别是财政的漏洞。但他知道，这件事弄得不好，便会搬起石头砸自己的脚。而且没有冯保的配合，他就是想整治也整治不了。
张居正于是不只一次在与太后与皇上的面前给冯保戴高帽，说他如何廉洁奉公，然后，又让礼科给事中就内廷财政问题给皇上写了一封奏章，提出了管理的漏洞，要清查一下整个内廷的各种物品的库存，一一重新登记。凡被太监“借”走的，一律限期归还。皇上将此奏章送回内阁让张居正拟票。张居正拟票之前，找来冯保商议，冯保尽管不乐意外官插手内廷的事务，但觉得张居正的态度友好，遂同意清理内廷财务。
皇上批旨之后，内廷财务动了一次大手术。仅清回来的瓷器就有一万多件。经过这一次清理，内廷的开支节省了不少。原来，内廷财政与国家财政虽然名义上是分开的，但皇上经常下旨到户部调钱。张居正上任后，坚持分灶吃饭。内廷的开支，包括皇上为嫔妃打制头面首饰、赏赐宫女等，一律由内廷供用库开支。国库的太仓银，只能用于官吏的俸禄、水利的建设、军费的开支等等。
供用库银子来源于哪儿？一个是皇上庄田的收入，第二是全国矿山开矿的收入。如果今天我们把所有的矿山收入划归皇室，那这个收入就大了。但在明代，开矿都是小打小闹，因此，收入还不太多。国库太仓银的收入，主要来自于民间各种赋税。在冯保的配合下，张居正完成了皇室与外廷财政上的分灶吃饭。这是一个了不起的进步。等于实际上限制了皇室的权利，改家天下为国天下。这么大的改革措施得以落实，相比之下，满足一下冯保的些小私欲，又算得什么？
张居正的另一个难点，是和李太后关系的处理。李太后其实是一个无意从事政治的政治家，只不过是历史给她提供给了某种机缘，她顺应历史，做出了正确的选择。从大量的史料来看，她对张居正的支持是无私的。张居正根据她的特点，也作出了一些明智的决策。譬如在太后封号问题上，张居正搞了一点革新。大凡新皇上登基，死去老皇上的皇后、贵妃要重新封赠。为什么？因为新皇帝的正宫夫人必须承继皇后的称号，老皇上的皇后高一辈儿，就得叫皇太后。这个封赠有规矩，凡是老皇帝的皇后，一律封皇太后。如老皇帝的嫔妃里，有人生的儿子继承了皇位，也可以封皇太后，但和老皇后之间要有区别，即老皇后在“皇太后”之前，再加两个字的封号，而皇帝的生母，晋封的皇太后就什么都不能加。