一
首先，用排除法来看，齐国显然不能称之为秦始皇最难消灭的一个国家。在秦始皇消灭六国的过程中，齐国坐视其他几个国家相继灭亡，最终被秦国大军势如破竹，也即几乎没有怎么抵抗就被秦国消灭了。
和齐国相对应的是，韩国和燕国的抵抗也不是那么激烈，即便燕国派出了荆轲等刺客，但是，因为实力上的弱小，秦始皇在消灭韩国、燕国的过程中也几乎没有遇到太大的阻力。至于中原之地的魏国，虽然在战国前期一度为七雄中的霸主，但是，在战国后期，魏国的实力也被大幅削弱。
二
由此，在笔者看来，对于秦始皇嬴政来说，消灭六国的过程中，赵国和楚国是最难打的两个国家。一方面，就赵国来说，赵武灵王的胡服骑射使赵国一跃成为关东六国之首，赵武灵王更亲自乔装使者入秦，考察秦国地形，意图于九原出击绕开函谷关攻灭秦国。赵惠文王继位后，期间赵国名将名相辈出，数败秦军。于渑池与秦盟会后，趁秦攻楚的机会出击关东，夺取齐的高唐，又遍击关东诸国，夺取土地。由此，在战国后期，赵国和秦国成为最强大的两个国家。
三
值得注意的是，即便到了决定战国格局的长平之战，虽然秦国士兵在白起的率领下战胜了赵括，但是，赵国损失惨重的同时，秦国也因此元气大伤。也即秦虽然取得长平之战的胜利，但士卒死伤过半，粮草消耗巨大，促使秦国无力继续攻邯郸灭赵。而等到秦国集中兵力，全力进攻赵国都城邯郸时，因为廉颇等人的坚守，秦国还是没有成功攻下邯郸。到秦始皇在位时，李牧等赵国将领依然给秦军带来了重创。当然，后来因为反间计的作用，赵国君主自己冤杀了李牧，最终赵国灭亡。
四
最后，另一面，就楚国来说，其疆域巅峰时期几乎占了当时战国七雄的一半左右，也即当时的长江以南地区，基本上都被楚国占领了。对于楚国来说，虽然昏君层出不穷，不过还是诞生了项燕等名将，加上自己地域辽阔，士兵众多，成为秦始皇建立秦朝过程中的重要阻碍。在消灭楚国的过程中，秦始皇几乎将家底都交给了王翦，这才消灭了楚国。由此，在秦始皇剪灭六国中，赵国和楚国成为其中最难打的国家，其难度几乎难分高下。