外界对这次事件的一个疑点是，为什么更换安保系统，能够让体制内的研究人员当即离职，放弃稳定的工作？
多位核所相关人士向《财经》记者表示，安保事件冲突只是一次“借题发挥”，刺激大家离职的主要原因可能有两个，一个是核所所长吴宜灿。另一个重要原因是自5月起就开始发起的院内改革。
吴宜灿是一部分核所员工“借机离职”的一个原因。
一位在此前已经离职的核所员工向《财经》记者表示，吴宜灿的管理风格非常强势，他还在职时，核所里有两种文化，“加班文化”与“排球文化”。每个月所里会统计每个人的加班情况，即使没有事做，也要熬到9，10点才能下班。
吴宜灿喜欢打排球，核所里有固定的排球比赛，“大家常常组织训练。”他不喜欢打排球，但是依然不能拒绝。
更令他难以忍受的，是要准备每年元旦晚会的节目，临近元旦那两个月，几乎所有的时间精力都要花在准备节目上，要有一些歌颂、赞扬吴宜灿的环节，最后还有献礼，还要讲礼物的意义。每个部门都花很多精力去准备这件事情。“我觉得特别头疼，特别累。”
他向《财经》记者强调，近几年核所离职比例一直很高，离职原因多为受不了所内的文化氛围。”
5月开始发起的院内改革是另一部分人离职的原因。
合肥院官网显示，今年5月6日，合肥院召开职能处室和支撑部门负责人宣布会。会上，院长刘建国指出，为了进一步对标国际一流科研机构，用制度保驾护航科技创新，为科研人员“减负”，研究院推出一系列改革措施。
这些措施包括但不仅限于：营造新时期科学岛创新文化、落实扁平化管理、优化学科布局、整合成果转移转化平台、加强科教融合力度、深化国际合作。
一位中科院合肥物质科学研究院人士向《财经》记者解释，改革措施中的“扁平化管理”，引发了所与院的矛盾。“以前各所所长可以直接支配课题资金，现在有的所所长一年只能批500万元，剩余的都需要院里同意。”
他认为扁平化管理本是好事，但由于去除了一些行政管理岗位，科研人员不得不负担起做文稿、做PPT的工作，无形中增加了工作负担。
此外，改革还取消了三级课题，“本来三级课题是给新人历练的，但是现在很多刚来的硕士、博士就没有历练的机会了。”
此次改革后，合肥院将推行的PI制度（Principal Investigator，学术带头人制度）也在部分科研人员中引发了争议。一位合肥院科研人员解释道，这意味着“将由几百名行政人员直接管理几千名研究方向各异的科研人员”。
在她的理解中，PI制摒弃了科学岛团结一致干大工程的优势，结果将是几百个课题组各自为政。“现在的科研不是纯粹的基础研究、一个人一支笔就搞起来了，必须要集合大家的力量才可以。”
一位合肥院在职人员则向《财经》记者透露，“目前改革推行阻力很大，6月，院内就因此闹得沸沸扬扬，改革结果目前还不可知，而且我至今没看到改革相关的红头文件。”
近几年，中科院内部一直在推行改革，改革的重点是加速科研成果的转化，引入市场化投融资机制以及人才引进、培养机制等。
中科院合肥物质科学研究院下设的另一个研究所研究人员向《财经》记者透露，不止核所，今年5月至今，他所在的研究所有数百名博士、硕士离职，“如果再算上其他研究所，包含项目聘用和人才派遣，涉及人数还会更多。”
另一名研究人员也提到，他所在的研究所近期也陆续有人离职，但具体离职人数并不清楚，“很多人是默默走的，不像核所是集中爆发辞职。”
中科院合肥物质科学研究院等离子体所托卡马克物理研究室主任徐国盛反驳了这样的信息，他告诉《财经》记者，等离子体所在最近2个月内，没有一名员工离职。
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改革力度如何恰到好处？
《财经》记者了解到，离职的科研人员有的去高校教学，有的自寻门路、另谋高就，也有人抱团创业。
这位技术专家提到，中科院的科研体系带有行政性质，科研项目都是各级机关分配资金，这样的政策对于高效管理研究资金其实有好处，但到了具体执行阶段，层层分配之后，动作容易走形。经常出现的情况是，“好的项目拿不到钱，一些擅长处理关系的项目负责人能拿到钱。”
分拆研究所，设立下属的研究团队，在中科院内部已经很常见。这个政策的出发点是好，可以加强对细分科研方向的专注力。但也有身在其中的研究人员对这样的政策有抵触情绪，接受《财经》记者采访的中科院人士认为，这“容易形成支离破碎的科研架构，导致科研不能聚焦形成突破，一些研究人员会因此失去成就感。”
引发基础科研人员焦虑的还有一个重要原因，有接受《财经》记者采访的中科院人士提到，科研单位内部容易形成“小圈子”文化。一位中科院深圳先进技术研究院前研究人员告诉《财经》记者，这是由于特定研究领域的圈子很小，且圈内交流密切。
“各个圈子都想自立山头，但一个研究人员从研究所下到研究团队，意味着你的晋升路径可能会变窄，科研的黄金时期很短，耽误了几年更难晋升，连带影响薪酬福利。”
鉴于以上因素，不少人选择到商业公司自设的研究院去继续做研究。近年来，大型公司和头部创业公司自建研究院已经成为主流，“因为企业发现，直接与高校研究院合作的效果并不理想，还不如自建研究院来做。”前述中科院专家提到。
这条道路其实并没有想象中的好走。科技公司都将重心转移到商业化上，高价聘请技术专家的现象逐步减少，一级市场也已经进入资本寒冬期，融资案例和金额都比往年有大幅下降。
