当年发生盗窃案的沈阳铁路局材料总厂院仓库旧址，如今已改建成洗浴中心
澎湃新闻注意到，支撑上述结论的依据是曹氏兄弟的口供，以及案发当日被他们雇佣的三轮车夫的证人证言。
从1999年8月29日被刑拘到被依法逮捕后满一个月的1999年10月9日，曹庆三和曹波三分别作出讯问笔录7份和6份，其中均有半数是在办案部门要求二人“反省”后作出。而在检方介入后，两人则不约而同地翻供了。
值得注意的是，两人被拘当日的第一份笔录均为有罪供述，但这两份笔录都没有记录讯问的地点和具体时间，所用的纸张也和后来同样在当日所作的第二份笔录完全不同。
曹庆三称，当时他并没有承认盗窃，是在挨了打的情况下，由办案民警拿着写满字的笔录，抓着他的手指强行按的手印，民警还说“你弟弟都认了，你还不认吗？”曹波三则称，案发当日他只是帮哥哥联系了车辆，并未到过现场，他确实不清楚坚果的来历，“民警跟我说，我哥已经认了，我要是也认罪，就能帮他分担一点量刑，俺们不懂法，就这样信了”。
即便如此，从第一份讯问笔录开始，曹庆三就不断提及从“小三子”处买货的情节，但因不知“小三子”真名而无法向警方提供详细信息。在曹波三的第二份笔录开始，他也不断供述有“小三子”的存在，并称“货是‘小三子’卖给我哥的”。
警方称经查无“小三子”其人，关键物证因“保存不善”丢失
1999年10月8日，沈阳铁路公安将此案移送辽宁省检察院沈阳铁路运输分院(下称“沈铁检察分院”)审查起诉，当年11月15日，沈铁检察分院将此案退回补充侦查，并出具了详细的说明。
经审查，沈铁检察分院发现了案件尚存的五大问题：第一，与本案有关的“小三子”应到案；第二，曹庆三作案时所使用的工具“断线钳子”应提取；第三，作案时被更换的锁和钥匙应提取；第四，被告人家中搜查出的存款来源为何；第五，曹波三参与盗窃的时间。
当年12月6日，沈阳铁路公安局出具补充侦查报告书，并将案件再次移交。补侦报告书显示，警方在走访有关人员后，均未查到“小三子”其人。
曹庆三对此表示怀疑，他告诉澎湃新闻，介绍他和“小三子”认识的宋某民正是失窃坚果行的小工，绝不可能查无此人。曹庆三三姐曹秀云则对澎湃新闻表示，在案发多年后，宋某民家属曾找到曹家，希望他们不要继续申诉了，“宋家人说，当时为了调查这事，宋某民也被警察抓去了”。此后，宋家便搬离了新城子，去向不明。
曹氏兄弟出狱前老宅已拆迁，因在服刑期间没有户口，他们并未分到回迁房，目前只能和老母亲及三姐挤在沈北新区德育家园某一居室内
对于作案工具断线钳子的去向，补侦报告书依据沈阳铁路公安局刑警大队1999年9月21日出示的说明称，此案系由新城子公安分局移交，他们曾多次向新城子公安分局刑警队追要物证，但对方的办案同志均否认见过此物，之后两次在曹庆三家中搜查也未找到。同样地，据办案人员回忆，在案发时已提取了的“被剪断”的锁和钥匙，也在较长的破案过程中，因保管不善丢失了。
此外，对于曹庆三、曹波三在沈阳辽阳工行开设账户的调查，也仅以办案时调取的开户和存款凭证作为依据。上述复印凭据显示，二人的开户时间分别为1999年5月和7月，开户后即存入资金5万元和3万元。
曹庆三称，他存入的钱确实是卖坚果所得，但这也不能说明坚果是偷来的。曹波三则称，哥哥卖掉坚果的钱并未分给他，这三万元是他此前的积蓄。不过，警方的补充侦查报告仍然认定，曹波三从兄弟二人预谋作案开始就参与了盗窃。
2000年1月，沈阳铁路中院公开审理此案，曹庆三辩护人郝沈武在庭上为曹庆三作无罪辩护，称公诉机关没有出示曹庆三作案时使用的工具，指控盗窃证据不足。
当月28日，沈阳铁路中院作出一审判决，认定曹庆三、曹波三盗窃罪成立，均判处无期徒刑，剥夺政治权利终身，各没收财产10万元。
澎湃新闻注意到，一审判决认定的犯罪事实和起诉书指控内容在作案手段上略有不同，一审判决仅认定曹庆三“打开仓库门锁”，未再提及使用断线钳子等具体细节。
沈阳铁路中院认为，曹庆三辩护人提出的用断线钳子剪断仓库门锁并换上新锁的指控，证据不足，予以采纳，但是二人无视国家法律，以非法占有为目的，秘密窃取他人财物，且数额特别巨大，应予严惩。
曹庆三兄弟转向位于沈阳的最高法第二巡回法庭递交申诉材料。因为没有车，兄弟两人每次要乘坐一小时的328路公交从新城子赶到沈阳市区。握着申诉材料途经南二马路市场旧址时，曹波三内心五味杂陈。
曹庆三兄弟无车，每次申诉需乘坐车程1小时的328公交抵达沈阳
他说，自己没有出生在家境好的家庭，兄弟俩靠打拼从县城到了省城，一切刚有起色之时，却因一宗“不明不白”的官司失去了17年的自由，如今落得一无所有。
申诉代理律师何承宸告诉澎湃新闻，2019年11月25日，最高法第二巡回法庭答复称案件申诉材料已受理。8月20日，澎湃新闻记者与曹庆三、曹波三一同来到该庭询问申诉受理进展，第三接谈室法官表示，目前尚未立案复查，“人手有限，没这么快”，其表示会尽快与主审法官沟通。
曹庆三说，他最深的愧疚是没能在大姐曹秀玲离世前出来见她一面。十多年来，曹秀玲为两个弟弟奔走于办案法院、检察院，数十次到辽宁省高院申诉。在一次申诉的过程中，她将一双儿女锁在家中，导致女儿煤气中毒后瘫痪，不久便不治离世。
曹秀玲的执着并未使案件发生转机，劳苦奔波和丧女之痛，让她患上了严重的尿毒症，于2012年病逝。
