从文献的记载来看，李自成起义之后，李家的祖坟被掘了三次。
第一次是在崇祯十四年。
崇祯十四年的九月，兵部右侍郎、陕西总督傅宗龙在河南的项城被李自成斩杀，陕西巡抚汪乔年接任总督。
十一月，汪乔年组织起三万明军出陕，《流寇志》中说，出发之前，汪乔年率军挖了李自成的祖坟，“斩蛇誓师”。
《绥寇纪略》中对这件事的描述更细致、更惊悚，而且整个行动是由崇祯皇帝授意，当时汪乔年还是陕西巡抚。米脂县令边大受带人深入万山丛中，终于找到了李氏祖茔。
接下来的描述荒诞不经，完全可以当奇幻小说来看了，大体就是在茔中不但挖出了枯骨，还有巨量的蝼蚁和一条能伸缩的大蛇。汪乔年把枯骨和蛇封存起来，献了上去。
按照《绥寇纪略》的说法，李自成后来被射伤一只眼，并且最终失败，都和祖茔被毁有关系。
正因为这个原因，李自成对汪乔年无比痛恨，后来把他包围在襄城，城破之后汪乔年自刎不死，被处死。
汪乔年毁掉李氏祖坟，是出于当时人们的一种信仰，借此诅咒李自成失败，同时也有很强的宣传鼓动的目的。
崇祯十六年十月，李自成攻破潼关，进入陕西，在西安建立大顺政权，并很快率军向北京进发。
按道理，李自成衣锦还乡，会重新修整李氏的祖茔，但此后不久，李氏的祖茔又被清军毁了两次。
一次是由固山额真叶臣实施。
崇祯十七年也就是顺治元年的五月，多尔衮率领清军占领北京之后，英郡王阿济格和吴三桂等人继续追杀李自成，直打到庆都一带，获得农民军的大量辎重，随后一起返回北京。
到了六月，多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱等人率军向山东进军，又派固山额真叶臣进军山西。
因为山东方面没有遇到太大的问题，于是调派觉罗巴哈纳、石廷柱前往山西，配合叶臣行动。清军由山西攻入陕西，李自成的部将、定西伯唐通投降了叶臣。
九月的甲辰日，顺治皇帝从北京的正阳门进入了紫禁城。第二天，在遥远的陕西，叶臣的清军攻打到李自成的原籍米脂县，“歼其亲族，掘其坟墓，弃其骸骨。”
在写给朝廷的报告中，除了毁茔，叶臣还提到流寇的党羽全部逃散。这些恐怕有点夸大其词，因为到了十月，多尔衮又命令英亲王阿济格为靖远大将军，和吴三桂等人一起统帅清军西征陕西，说明叶臣的进攻应该是失败了。
阿济格率领清军从塞外绕道，途经土默特、鄂尔多斯等地，从北面进入陕西，于十二月中旬到达米脂县。
有文献记载，阿济格的军队这一次又把李自成故乡的百姓屠戮一空，而且又一次破坏了李自成宗族的祖坟。
问题是，当年汪乔年已经破坏了李自成的祖坟，而且几个月前叶臣也掘了一次，并且杀了一些人，为何现在阿济格又来一次？
也许，清军破坏的是经过修整的李氏祖茔，而且叶臣和阿济格两次毁茔，除了在战报中记录一笔，向朝廷表功，真看不出还有别的作用。