秦始皇在全国统一之后，不同政治主张的争论愈演愈烈，终于发展成公开的斗争，并演成震惊全国的焚书事件。事情的引发还是围绕政治体制问题而展开的。
关于秦朝实行何种政体问题，秦统治集团内部分歧严重，一直没有消除，因而引发成公开的斗争。
对此，李斯谏言说，如今天下已定，法令统 一，儒生“不师今而学古”，指责当世，惑乱百姓。他们以私学诋毁法教，指摘朝政法令，“入则心非，出则巷议”，甚至造谣诽谤。这种现象如不禁止，必将削弱皇帝的权威，臣下结成反对的派别。
李斯谏言的核心问题，即“私学相与非法教”，有碍于“定一尊”。于是，李斯主张禁私学，焚《诗》、《书》，实行文化专制的政策。
秦始皇采纳李斯的建议，并诏令付诸实行。
秦始皇既然下令焚书，许多古代典籍付之一炬，其中六国史籍损失最大。因为这类史书对秦“有所刺讥”，又因主要藏于官家，自然不能幸免于难。直到东汉班固作《汉书·艺文志》，由于这类史书存世甚少，以致所著录六国史籍寥寥无几。
《诗》、《书》及百家语之类，因民间藏的较多，所以损失比史籍要小，并没有全部被销毁。事隔一百年之后，司马迁著述《史记》，书中征引、述及的古籍不下数十种，说明有些古籍还是保存下来了。甚至被李斯斥为“私学”、指为“祸首”的诸子著作，也没有完全被烧绝。西汉中期以至东汉初年，诸子文篇依然存世。《汉书·艺文志》诸子类，还详列各书所存篇数。这些书籍成为劫后余存。
它们所以能保存下来，当时民间私藏禁书是重要的原因。伏生壁藏《尚书》就是其中一例。汉初废除“挟书律”，许多典籍纷纷出世，大都是民间私藏的结果。汉景帝时，鲁恭王广治宫室，也 从孔壁之中发现大量的古籍。
秦始皇的焚书，引起士人诸多不满，因而又演成坑儒事件。焚书的第二年，为秦始皇求仙药的方士侯生和卢生，唯恐骗术败露，遭杀身之祸，便私下攻击秦始皇。他们指责秦始皇贪于权势，独裁朝政；专任狱吏，不用博士；而且双双逃亡。秦始皇闻讯，以方士行骗诽谤，耗费巨万； 咸阳诸生，“为妖言以乱黔首”为罪名，下令追查诸生罪状，结果将犯禁的460余人，统统坑杀于咸阳。