与其他王朝不同，明朝末年自然灾害频发，可谓旷古未有，据相关学者统计，明代共发生水、旱、虫、震、雪等十二类自然灾害3952次，其中水旱灾和震灾占到了自然灾害的四分之三。
而从万历年间至崇祯年间，年年都有一种或几种自然灾害，仅从崇祯元年到崇祯十七年，就发生了水灾、旱灾、雪灾、蝗灾，一些地区还发生地震；每一次的灾害都造成大量饥民，特别是旱灾，往往与其他的自然灾害并发。
由于明末政治腐败，地方官员中饱私囊、赈灾不力，加上当时要抵抗后金的侵略，所以朝廷无法腾出足够的精力去应付这些流民，由此导致民心不稳，社会动荡不安，以致明王朝内忧外患，不可避免地走向灭亡。
频繁的自然灾害导致农业受到极大损失
农业的损失是自然灾害导致的直接后果。中国古代以农立国，自给自足的小农经济是中国古代经济的基本特征，这种经济由于小农经济的脆弱性，一旦遇上自然灾害，就会损失惨重。
从1620年冬到1621年春，我国出现了极为罕见的严冬，长江中下游地区及其以南的大范围冰雪天气持续长达40余日。致使汉水及淮河下游与洞庭湖等大江大湖也出现严重封冻，长江以南的大量河流和湖泊出现结冰亚热带和热带果蔬及其他植物出现严重冻害。
这种极端天气的出现，导致南方农业极大受损，南方特别是长江中下游地区不仅农民最基本的温饱无法保障，朝廷的赋税也无法正常征收，而且还必须安置流民，以防农民起义，但是，明朝末年政治混乱，官场黑暗，地方官员和朝廷处置不当，加上明末的“三饷加派”，导致饥民激变，终至演变为农民起义。
明末土地兼并严重，各种庄园盛行，皇室贵族和地主疯狂掠夺财富，明末本来就积弊难返，就如同病入膏肓的病人一般，天灾流行，饥殍遍野，赋税繁重，内部问题严重，外部局势不稳，因此，明朝的灭亡也就无法避免了。
自然灾害的发生影响明朝的赋税征收
频繁的自然灾害导致农业减产，必然会影响明王朝的赋税收入，不仅仅是田赋收入，还有占很重要部分的工商收入。
当时的支出高达500余万，财政赤字十分严重。明末，由于后金的崛起和入侵，边饷空前加重，但是国库收入根本无法应付边境的消耗，亏空十分严重，以致崇祯帝欲集中物力、兵力而一战的条件都没有，这和明初强盛的国力形成鲜明的对比。
畜牧业也受到极大损失，每一次的自然灾害，牲畜也损失惨重，本来牲畜既是主要的农业动力和食物，在古代是极为重视牲畜饲养的，所以牲畜的损失确实是对农业生产和征赋的重大打击。
杭嘉工商业发达地区受到灾害的损失也是极大，这些自然灾害发生的地点遍布全国各地，其中包括了主要农作物种植区以及经济发达区，由于农作物受损，无法提供充足的原料，工商业的发展也就无法持续下去。
雨雪地震灾害在长江中下游地区也时有发生，据《明史》记载：仅在南京从天启元年到崇祯年间开始就发生地震四次，京师则高达七次之多，同时期，在济南、福建、两广等地也有地震发生。
这些灾害发生的地区经济比较繁荣，既是重要的农业种植区，又是重要的商品经济和手工业区，对于朝廷的税收十分重要，而且人口众多、文化发达，受灾后造成的后果就可想而知。
如此频发的自然灾害，必然会对农民的日常生产生活造成极大灾难，朝廷不仅很难进行正常的税收，还要进行赈灾，这就使原本就十分空虚的国库面临巨大的压力。
朝廷无法拿出足够的银粮救灾，加上辽东局势的紧张，造成内忧外患，而又需要大量的银两，就只有加重赋税，对百姓来说又是沉重的负担，这种恶性循环也一直持续到明朝灭亡。
饥民的大量产生导致社会动荡不安
自然灾害的大量发生，使土地荒芜，农作物减产甚至绝收，这就使以土地为生的农民失去了生活来源，并没有规避灾害的有效措施，加上朝廷不时地催征加派，农民苦不堪言；在王朝末期，由于政治腐败，土地兼并严重，普通百姓在面临天灾人祸时根本无法生存，产生了大量的流民。
据史书记载，从天启年间到崇祯年间，仅旱灾就十分严重，旱灾不仅持续时间长，而且波及范围广，危害特别严重；每一次的灾害都造成“盗贼”大起，李洵的《试论明代流民问题》认为明中叶的流民至少600万人。
从天启年间开始的农民起义一直持续到明亡，期间虽有停歇，但不久复发，最后愈演愈烈，形成声势浩大的李自成、张献忠起义，明王朝不仅要花费巨大的代价去镇压农民起义，还要防御东北后金的进攻，最终在内外的绞杀下走向灭亡。
明朝在与后金的斗争中处于劣势
由于极端天气，如旱灾、雪灾、冰雹等灾害，引发了一些问题，诸如流民增多、农业生产受到极大损失、边军将士后勤不足、牲畜冻死等，而且明军与后金军相比更不耐寒，后金满族人居住在东北，比较耐寒，适应能力大大高于明军。
后金军和明军的食物构成也有所不同，明军的军粮主要是依靠边疆种植和内地调拨，后金却可以依靠东北丰富的林业资源和动物资源，后金还常南下，依靠其精锐的满洲骑兵四处劫掠，不仅造成边地的财产和人员损失，还造成明军兵力分散、四顾不暇。