同治三年（1864年）六月，由曾国藩、曾国荃兄弟督师的湘军，用挖地道埋火药的作战方式，轰塌太平天国都城外墙，并趁势拿下了金陵城。攻陷金陵后，湘军一举拿获了洪秀全的儿子洪天瑱，以及太平军最后的希望——忠王李秀成。
这样一来，也基本宣告轰轰烈烈开展了十多年的太平天国起义最终走向了覆灭。
从道光末年开始，经历咸丰一朝，洪秀全等人所领导的太平天国起义，一直都是清廷的心腹大患。因此，清廷对天王洪秀全尤其恨之入骨。在得到曾国藩上奏的战报后，尽管当时洪秀全已经去世，但清廷仍然做出了一个残忍的决定，要对洪秀全的遗体进行处罚。
在下发给曾国藩的谕旨中，清廷着力褒扬了湘军在金陵攻坚战中的表现，并表示将对湘军战士论功行赏。同时，对太平天国的“发逆”，也严惩不贷。上谕对曾国藩处理太平天国的战俘提出了两个要求：
一是“李秀城、洪芢达二犯，即著曾国藩等派委妥员，槛送京师，讯明后尽法处治。”二是“洪秀泉（全）尸身，觅获后锉尸枭示，仍传首被害地方，以泄众愤。”
中国人历来讲究入土为安，而清廷对这个已故的叛军首领，不仅要掘墓开棺，还要让他身首异处，传首东南，无疑是一招极其毒辣的惩罚手段。
曾国藩打下金陵后，很快便找到了洪秀全的葬身之处。对曾国藩而言，执行清廷的命令，并没有什么难处，但是他却选择公然抗旨，没有将洪秀全枭首，而是“戮而焚之”，将洪秀全的遗体一把火烧掉了。
曾国藩刚刚立下大功，又手握重兵，正是瓜田李下，最容易遭人猜忌的时候，为什么却不惜违反朝廷旨意，将洪秀全遗体火化呢？难道是因为曾国藩做人仁慈，不忍心看到洪秀全受此酷刑？
显然不是。曾国藩之所以不惜违抗旨意，烧掉洪秀全尸身，是想以此作为借口，顺便把清廷另一道命令也违反了。
另一道命令，即要求曾国藩将李秀成解押至京。对曾国藩而言，这一条是绝对不能答应的。
究其原因，出在一个“钱”字上。
在攻克金陵之前，人们纷纷传言，洪秀全在天京城中有一个大宝藏，里面藏着这十多年到处搜刮而来的钱财。清政府一开始的盘算是，等打下了金陵，就把宝库中的财宝全部运回北京，作为战争善后的经费。
但曾国藩和曾国荃两兄弟打下金陵，搜遍了洪秀全的宫殿，却发现别说大宝藏了，就连一个普通的金库都找不到。于是奏称：“历年以来，中外纷传，逆贼之富，金银如海，乃克复老巢，而全无货财，实出预计之外。”清廷想用洪秀全财宝充实国库的愿望落了空。
有一种传言，说曾国荃攻克金陵城后，大发国难财，把洪秀全的财宝都装进了自己腰包。不管真相是曾家兄弟监守自盗，还是确实没有宝藏，他们都绝不能让李秀成到北京招供。万一李秀成一口咬定，城中本来有财宝，现在却不翼而飞，朝廷细究之下，曾国藩兄弟便是杀头的大罪。
所以，曾国藩不惜抗旨不尊，烧掉洪秀全尸身，又擅自将李秀成和洪仁达二人处决，是为了自己保命。而对这两件事，曾国藩都说是为了防止沿途骚扰地方，用同一条理由敷衍了过去。
一方面死无对证，另一方面曾国藩又大权在握，清廷也不敢贸然追究曾国藩的抗旨之罪。最后，曾国藩不仅没有受责，反而被大大表扬了一番。
清廷下谕旨说：“曾国藩奏、各将士于六月二十七日，在伪宫内掘出洪秀泉逆尸，经该大臣等验毕戮尸焚毁。该逆虽逃显戮于生前，难免极刑于身后，亦足以大快人心。”“将该二逆极刑处死，免致沿途骚扰地方，所办甚是。”一场大祸，便这样消弭于无形了。