政变的第三日，李显在时隔二十二年之后再度登上皇位。参与政变的朝臣张柬之、崔玄暐、袁恕己、敬晖、桓彦范都升官进爵，位列郡公。相王李旦和太平公主也分别被加封为“安国相王”和“镇国太平公主”。这些朝臣和宗室都是政变的功臣，此时都权势煊赫。这时中宗李显为了加强皇权，壮大自己的力量，制衡这些功臣，就开始重用武三思等人。
李显为笼络武三思，还曾亲自到访武府，对韦后和武三思的好事也是睁一眼闭一眼，并且还把女儿安乐公主嫁给了武三思的儿子武崇训。最让人啼笑皆非的是中宗李显睁眼说瞎话硬说武三思也是神龙政变的功臣，并赐给他丹书铁券，也就是免死券。
武三思成了李显的红人，他在朝中的势力迅速崛起。 武三思的再度崛起引起张柬之等五大臣的高度警觉。张柬之等五大臣与武三思数度交锋，武三思在李显面前数进谗言，指责张柬之等为权臣。在武三思的建议下，张柬之等五大臣由郡公升格为王，但被革除了宰相职务。五大臣没有了实职，成为手无寸权的人。
张柬之等被削除实权，明升暗降后，武三思为防五大臣东山再起，仍不罢手。张柬之等人先后被赶出京城，下放地方担任刺史，其中张柬之来到襄州担任刺史。
神龙二年(706年)，中宗李显的女婿王同皎愤恨武三思专权，意图除掉武三思。但由于宋之问、宋之逊兄弟俩的出卖，王同皎事泄被害。这桩案又被武三思利用，称张柬之等五大臣也参与其中，于是张柬之等人被前去王爵，流放偏远的岭南。
张柬之此时已届八十二岁高龄，他和六十七岁的崔玄暐经不起路途艰辛，在流放途中忧愤而死。这也正好逃过了随后武三思派来的御史大夫的毒手。而敬晖、桓彦范、袁恕己三人死状甚惨。敬晖被凌迟处死；桓彦范被在竹槎上反复拖行，骨肉分离而不死，又被乱棒打死。而袁恕己被逼喝下野葛汁，毒发疼痛难忍，指甲抓地时全被磨尽，受尽折磨仍不能死，后又被打死。
在神龙政变中，张柬之等没有借机铲除武三思等武家势力，导致失势的武三思与韦后勾结再度崛起，打击张柬之等五大功臣，最终导致了五大功臣的惨死。
正义或许会迟到，但终不会缺席。乱政的武三思在神龙三年的景龙政变中，被太子李重俊杀死。睿宗李旦即位后，武三思又被掘墓暴尸。而张柬之等五大臣在李旦即位后，被平反昭雪，追复官爵。唐玄宗李隆基即位后，他们又被配享中宗庙庭。
