到了清朝，乾隆皇帝组织官员修著了一部《四库全书》，在这个过程中，《永乐大典》起到了非常重要的作用。
对于后人来说，《永乐大典》就是个宝库。因为它保存了明初以前大量的文献。随着时间的流逝，很多典籍在流转中佚失了。但是当初录入《永乐大典》的都得以保存下来。据说，清修《四库全书》时，从中重新辑出的佚书达到了500多种，其中就有《旧唐书》《续资治通鉴长编》等重要史书。
但是，清朝在修著《四库全书》时，从《永乐大典》中辑出了一部分内容，也删去了一部分内容，即有关农业、手工业、医学、戏文等书籍。而这些内容恰恰是《永乐大典》的独特性之所在。
当代人的“遗憾”
历史上，《永乐大典》有正本和副本两份，本来是“双保险”，而且它们一直被保存在深宫之中，本应该十分安全。不幸的事，这两部书都没有能够完完全全地流传后世：正本神秘“消失”，而副本命途多舛。
正本之谜：嘉靖年间，当朝廷完成副本的重录工作时，正本的《永乐大典》却不知去向。人们有几种猜测：有人说嘉靖皇帝太喜欢《永乐大典》了，所以将其作为自己的陪葬带到了皇陵之中。也有人说，这部书已经在明末清初的战火中化为灰烬……
副本之殇：和“不翼而飞”的正本相比，副本虽然得以存世，命途却十分悲惨。清朝修《四库全书》时，副本已经散失了2000多卷。而在近代的战火中，副本又屡遭焚毁、抢劫、偷盗等厄运，更加残缺不全。虽经后人的不懈搜集，当初的皇皇巨著如今已知的存世数量竟然还不到原书总量的百分之四！
朱棣在为《永乐大典》写的序言中评价此书：包括宇宙之广大，统会古今之异同。只可惜后人无缘得见，只留下无尽的感慨和一段沧桑传奇。
