武则天称帝前几次废立皇帝，几次更改国号。李旦在位期间，武则天的侄子武承嗣想让他姑母做皇帝，就差一个好时机。于是，就搞了一个小把戏找块白石头在上面刻上"圣母临人，永昌帝业"几个字，然后用紫石药填进去，再找人把石头献给武则天，说是在洛水得到天然石头。武则天拿到石头后非常高兴，亲自率领文武百官到洛水边搞了一场声势浩大的拜洛受图典礼。为了迎合这位权倾朝野的女人，关中很多老百姓跑到洛阳来支持武则天称帝。
坐上皇帝的武则天，最重要的事情就是选取辅佐自己的宰相，心思缜密的她觉得只有忠心耿耿的狄仁杰让她最为放心。于是，下达了一份诏书拜狄仁杰为宰相。狄仁杰接到诏书后，心里并没有十分欢喜。因为，狄仁杰是正统的儒家，儒家的传统观念是反对女性当权的。他陷入了深深的矛盾中，儒家还要一个观念就是忠孝。当官的人忠是第一位的，甚至优先于孝道。武则天现在是君主，就必然忠诚于她。
狄仁杰从政三十多年来，他见证了朝堂之上的跌宕起伏，在他心里，武则天确实是一个非常了不起的女人，但是作为皇帝，她需要一个立场坚定秉公执法的人在身边辅佐，才能国泰民安。他甚至还想只有自己在朝廷之上占据重要的位置，才有可能保住李唐子孙，让大唐再次复兴。于是，在武则天当权第二年狄仁杰做宰相，没有人知道他心里的矛盾和算盘，甚至连家人都对他不理解。
一个女人做皇帝，阻力当然比男性大得多，因而武则天十分害怕手下的臣民叛乱。为了清除异己，她开始实行酷吏政治，并建立一套告密制度，鼓励人们举报暗藏的所谓谋反者。凡事被举报，不论青红皂白一律下狱，甚至处死。这样使得告密的人越来越多，宰相狄仁杰也被人告了，然而狄仁杰却坦白了，让酷吏们喜出望外。对于酷吏的做法，狄仁杰悄悄地写下血书装进衣服里，让不知情的狱卒送到家里，家人看到血书后就把冤情呈报给了武则，。此时，朝廷因他的入狱而人心动荡。
武则天看到朝堂上的人心浮动，就让人把狄仁杰带上朝亲自审问。在朝廷上武则天问狄仁杰为什么承认谋反，狄仁杰从容不迫地说“我如果不承认早就死在牢里了，怎么还能见到皇上呢”。虽然知道狄仁杰等人时无辜的，但武则天还需要维持高压统治。为了给自己找台阶下，说死罪可免，活罪难逃，就把他贬到地方做官了。
狄仁杰在武则天统治时期三起三落，但是武则天一直没有忘记这个耿直心无旁骛的老臣。没过多久，武则天又重新启用了狄仁杰，并再次担任宰相。几年后，武则天因为传位问题犹豫不决，她不知道是把皇位传给儿子还是侄子。经过狄仁杰推心置腹的对武则天讲述了很多道理，让武则天觉得狄仁杰很有道理，最终把儿子李显召回皇宫立为太子。
辅佐了武则天一辈子的狄仁杰在晚年的时候，终于通过自己的努力，挽回了李唐王朝，并暗自为李唐的未来布好了局，他给武则天推荐张柬之成为宰相。在狄仁杰去世后，张柬之趁武则天病重之时，拥戴了李显为皇帝，使得大唐天下又重新回到了李氏家族手中。