时，光武传闻朱鲔破河内，有顷，恂檄至，大喜曰：吾知寇子翼可任也！诸将军贺，因上尊号，于是即位。时，军食急乏，恂以辇车骊驾转输，前后不绝，尚书升斗以禀百官。帝数策书劳问，恂同门生茂陵董崇说恂曰：上新即位，四方未定，而郡侯以此时据大郡，内得人心，外破苏茂，威震邻敌，功名发闻，此谗人侧目怨祸之时也。昔萧何守关中，悟鲍生之言而高祖悦。今君所将，皆宗族昆弟也，无乃当以前人为镜戒。恂然其言，称疾不视事。帝将攻洛阳，先至河内，恂求从军。帝曰：河内未可离也。数固请，不听，乃遣兄子寇张、姊子谷崇将突骑，愿为军锋。帝善之，皆以为偏将军。
建武二年，恂坐系考上书者免。是时，颍川人严终、赵敦聚众万余，与密人贾期连兵为寇。恂免数月，复拜颍川太守，与破奸将军侯进俱击之。数月，斩期首，郡中悉平定。封恂雍奴侯，邑万户。执金吾贾复在汝南，部将杀人于颍川，恂捕得系狱。时尚草创，军营犯法，率多相容，恂乃戮之于市。复以为耻，叹。还过颍川，谓左右曰：吾与寇恂并列将帅，而今为其所陷，大丈夫岂有怀侵怨而不决之者乎？今见恂，必手剑之！恂知其谋，不欲与相见。谷崇曰：崇，将也，得带剑侍侧。卒有变，足以相当。恂曰：不然。昔蔺相如不畏秦王而屈于廉颇者，为国也。区区之赵，尚有此义，吾安可以忘之乎？乃敕属县盛供具，储酒醪，执金吾军入界，一人皆兼二人之馔。恂乃出迎于道，称疾而还。
