朱元璋为了建立、发展大明帝国的事业，可谓勤勤恳恳，呕心沥血，他把一生都献给了自己所创立的朱家王朝。到了晚年，他本该享受自己创造的繁荣和富贵，但他却承受着孤独和忧虑。
洪武朝几次的大的血案，胡蓝党案、空印案、郭桓案、南北榜案即文字狱等，朱元璋前前后后杀了有十几万人。这些人中很多是同乡、近亲，更是为了建立大明朝出谋划策、冲锋陷阵的文臣武将。到了晚年，朱元璋发现和自己同甘共苦的那些人都不在了，自己成了孤家寡人。
然而，最让朱元璋感到痛苦的还不是这些，他晚年承受的最大的孤独和忧虑，莫过于马皇后和太子朱标的早亡。多妻是封建统治阶级的特权之一，朱元璋也不例外。可是在众多的嫔妃之中，他最敬重和信赖的还是原配夫人马皇后。
朱元璋得到马皇后的帮助很大，从贫贱到富贵，从起义初始到建国后当上皇帝，马皇后一直陪伴在他身边。洪武十五年（1382年），马皇后死，朱元璋哭得肝胆欲裂，为了表示对马皇后的怀念，他决定从此不再立后。
十年以后，也就是洪武二十五年（1392年），朱元璋又经历了一次更大的打击，太子朱标突然病故。朱元璋很早就注意选择继承人，洪武十年（1377年）的时候，他就让二十二岁的太子参与政务，让他没想到的是，就在自己日益老迈之时，太子却病故了。
为此，朱元璋无比悲痛，到了除服日期，他还沉浸在哀痛之中，群臣力请，他才应允上朝听政。为了防止众多皇子争夺皇位，朱元璋坚持嫡长子继承制度，立朱标之子朱允炆为皇太孙，并让他立即参与政务。虽然群臣对这位未来的大明天子赞扬备至，说他像其父朱标一样仁孝，但实际上，朱元璋对他晚年发生这样的变故忧心忡忡，无比忧虑，担心后继乏人。
洪武三十一年（1398年）五月，已经是七十一岁老人的朱元璋，自感身体不舒服，但仍坚持上朝决事，一个月后，便驾崩了。说起朱元璋的在位时间，这里插播一段趣事。
朱元璋做了三十一年皇帝，据说是“天定”的，关于这个说法还有一个传说故事。早在朱元璋未称帝之前，有一次他在河里打鱼，一共捕了三十五条鲤鱼，然后将其放在一个篓子里。有一位叫陈四的人来到河旁，看见了朱元璋的三十五条鲤鱼。
陈四一边和朱元璋说话，一边用捕鱼的网罩在他的身上戏弄几下。待朱元璋回到住所打开篓子一看是，发现丢了四条鱼，这才明白是陈四给偷了去。于是他找到陈四问及此事，陈四矢口否认，朱元璋气的要揍他，陈四笑着把鱼还给了他。
朱元璋即位后，有一天他问刘伯温：你算算我在位当有几年？刘伯温掐指一算说：原本应该有三十五年，只不过被人偷了四年。听了刘伯温的话后，朱元璋忽然想起了那次自己捕鱼和陈四偷鱼的事，其数字恰好与此说相符。
于是，朱元璋召来陈四要杀了他，朱元璋问他：“你忘记了偷我鱼的事情了吗？我忘了那个地方叫什么名字”，陈四说：“我怎敢忘记。”接着他把那段往事仔细地说了一遍，并说那个地方叫“乌龙潭”，他曾在哪里罩过乌龙（指朱元璋）。因为陈四回答得当，偷鱼一事也只是普通的戏耍，朱元璋非但没有杀他，还给了他一个官做。
果不其然，正如刘伯温所言，朱元璋在位三十一年便驾崩了。在他临死之前，一心想给后继者留个稳固的皇位，但他死后不久，担心的事还是发生了，朱棣起兵夺了朱允炆的皇位，继续明王朝的统治。