但多数联邦同盟党议员认为，杰斐逊是既有思想又有威望的领袖，民主共和党是他创立的，他不可能听联邦同盟党的话。艾伦·伯尔虽然也是民主共和党人，但是他毕竟曾经加入过联邦同盟党，而且社会影响力相形见绌，可能会比较好控制一些。
这就出现了一个有趣的现象，投票给两个民主共和党的人，结果联邦同盟党更为纠结。
经众议院的投票，8个州支持杰斐逊，6个州支持艾伦·伯尔。必须过半获得9个州支持才能当选。只能再投一轮了……其结果跟第一轮一样，8个州支持杰斐逊，6个州支持艾伦·伯尔，分不出胜负。
众议院就这样一遍一遍反复地投票，一共投了27轮，还是一样。第二天早上，众议院决定先休息4个小时，然后中午继续投票，结果还跟昨天一样！
就这样一共僵持了3天，总共投了33轮票，结果都没有任何变化——8个州支持杰斐逊，6个州支持艾伦·伯尔。
总是选不出总统来，其关键就在佛蒙特和马里兰两个州。佛蒙特州支持杰斐逊和艾伦·伯尔的议员各占一半，只得弃权。
马里兰州有5名联邦同盟党议员和3名民主共和党议员，其中3名民主共和党议员当然是投票给杰斐逊，有4名联邦同盟党议员投给了他们比较喜欢的艾伦·伯尔，还有1名联邦同盟党议员却投给了杰斐逊，又平票了，只得弃权。
这两个州老弃权，就导致杰斐逊的支持票总是过不了半。
这时汉密尔顿出马了，在两个都不喜欢的人中，他只得选出一个比较不那么讨厌的人——杰斐逊就是那个比较不讨厌的人。
经过汉密尔顿对党内同志的极力游说，在第36轮投票中，特拉华州、佛蒙特州、马里兰州、南卡罗来纳州四州的联邦同盟党议员改投弃权票。
这一弃权所产生的变化可就大了，打破了之前的格局——这使得特拉华州和南卡罗来纳州从支持艾伦·伯尔改为弃权，而佛蒙特州和马里兰州从弃权改为支持杰斐逊。
其结果就是杰斐逊获得10州支持，艾伦·伯尔仅4个州支持，杰斐逊当选为美国总统，成为继华盛顿和亚当斯之后的美国第三位总统。
杰斐逊是第一个在新首都华盛顿办公的美国总统，之前的美国首都是费城。此时华盛顿只是一个很原始的小镇，各种政府大楼的土建才刚刚完成，甚至室内装修还没做完。但杰斐逊已等不急要搬过去了，杰斐逊深知，他面对的美国是一个各方面都亟待完善的国家。
那么，那位差点当了总统的艾伦·伯尔又是如何呢？前文已提到过汉密尔顿十分讨厌他，事实上他们两人是互相讨厌的。
艾伦·伯尔对汉密尔顿“从中作梗”导致他没能成为总统，始终耿耿于怀。因为此事和别的一些恩怨累积，1804年艾伦·伯尔向汉密尔顿发起决斗，在决斗中，艾伦·伯尔开枪击中了汉密尔顿，汉密尔顿受重伤于第二天去世了。
