与此同时，在蒙古诸部频繁入侵的同时，南方沿海的楼患问题也发展到相当严重的地步。由于闽浙一带的海防日益废弛，海寇活动更为猖撅，“毒东南者十余年”。据史籍记载，自嘉靖三十一年至四十三年—年期间，海寇入掠事件几乎年年发生，沿海边防己然面临严重的问题。
因此，穆宗在面临着一系列的烂摊子，决定开始一场声势浩大的变革运动。
（二）、“革新三部曲”之一：吏治革新
关于“革新三部曲”之一的吏治革新是这场改革的核心，其主要体现在三个方面：
一、召用和恤录嘉靖年间建言获罪诸臣
穆宗登基以后，立即遵奉遗诏，召用和恤录嘉靖年间建言获罪诸臣。为整个嘉靖时期因言获罪的官员平反，因此，一场大规模的平反工作迅速展开。首先将其中一些先朝当中健在的官员召回，给予官复原职。同时，对于些年事过高的，穆宗便让他们升秩致仕，以此显示自己的优厚之意。其次对已故的官员，则按照不同等级给予不同程度的体恤，在此期间，获得召用和恤录的官员人数是相当多的。
此举在当时起到了笼络人心的作用，对于稳定局势具有十分重要的意义。使在嘉靖朝长期遭受压制的言路有了重新活跃的可能。
不过，虽然此举的确起到了收拢人心的作用，使朝野上下“皆号感激”，但其不足之处也是明显的一是对恤录的对象未经仔细分辨，而是笼而统之地一概予以平反，难免有笼络和放纵言路之嫌。尽管隆庆初对先朝遗直的恤录存在各种缺陷与不足，但它仍然是明王朝刷新政治必不可少的环节。这项举措，为进行更为深入的革新创造了良好的条件。
二、整顿科举制度中的弊端
作为明王朝选拔人才的主要途径，科举制度影响着士风和官风的好坏，关系到官员的整体素质和王朝的政治活力。因此，明王朝要网罗人才、改善士风和官场风气，就必须对科举选士进行整顿。明朝当时科举考试中存在的主要弊端是：科举考试保密工作不好，并且监考不严，阅卷不公平等一系列破坏考风的行为。对此，隆庆朝采取了相应的整顿对策。
首先，严厉革除因科场关防不密所导致的怀挟、传递、代替、透漏诸弊。其次，针对“经书时义，体制大坏，有浮蔓至千余字”的现象，隆庆元年耿定向奏请，今后科考试卷“宜严立程式，一篇止许五百字以上六百字以下，违式者不与誊录”。
以上对科举制度的整顿措施，尽管变更动作不大，但其意义仍是明显的。尤其对科举考试中后二场考试的重视，显然代表了朝廷重视实学的态度，这在一定程度上必然对当时学风和士风的转变产生导向性的影响，对于规范学风和端正士风都具有重要的意义。
三、加强对官吏的管理和考核
官吏贪墨腐败是封建社会吏治的一大顽疾，虽非明代所独有，但在明代却尤为严重。到明中叶，“贪墨成风”，己严重影响到明王朝的统治。对于这种现象，朝廷开始加重了对贪官污吏的惩罚力度，同时令吏部和都察院在考察官员时，要将“赃多迹著”者的罪状详细列出，以便朝廷量罪处治。
对于贪墨者的处罚，隆庆时期除了革职、逮问之外，还严行追赃之例，使贪墨者无法在经济利益上得逞。在明政府多次严查和禁约下，隆庆时期大批有着贪墨劣行的官吏被惩处。
（三）、“革新三部曲”之二：经济革新
嘉隆时期，商品经济己十分活跃，时人张瀚在笔记《松窗梦语》中，曾详细记载了各地商人的贸易路线及所贩运的货物名称，从中可见当时跨区域的长途贩运贸易已在进行，而且商品种类丰富，交易规模明显扩大。但是由于传统思想的禁锢，商业一直是受到压制的地位，“重农抑商”的观念始终根深蒂固，在商品发展十分繁华的明代也同样这样。因此，“商困”问题一直困扰着明朝的经济发展。
针对这个商困问题，朝廷提出了一些全面的解决办法。通过一系列订估价、给议价等政策来解决官府给价不公和不及时的问题。严禁革、裁冗费，是针对官府横索无度、侵渔牟利的宿弊公金报则在于保证金商的公平性，避免全报时拘情幸免或挟恨妄报，以致牵累无穷。恤商惠商政策推出后，隆庆朝切实地进行了一些改革和整顿。其措施，除了采纳工部的建议预支商人贷款之外，还包括以减免商税的方式扶助商业。总之，隆庆时期的恤商惠商改革，是当时财政经济改革中一个卓有成效的探索，其作用不可小视。
同时，在隆庆元年，穆宗采纳了巡抚御史涂泽民的奏折，宣布解除海禁，允许一部分开放海禁，由此持续了近两个世纪的海禁政策终于被解除，私人海外贸易取得合法身份，出海经商者骤然增多。
一条鞭法：张居正于万历九年（1581）推广到全国
最后，“一条鞭法”的实行，促进了明代后期的赋税改革，一条鞭法是明代中后期赋役改革要求的必然产物，它简化了赋役征收的项目和手续，是一种相对更为进步的赋役征收办法。改革者希望通过这种新的征收办法，革除赋役不均的弊政，以达到增加财赋收入和苏解民困的目的。从对某些地区实施效果的记载看，这种赋役改革的确收到了一定成效。
