由于荞麦粉虽然有黏性，却没有弹性，因此做成面条的话很容易断裂。而约在16世纪末，荞麦面粉才在不断地尝试下形成，而这个不断尝试指的是加入不同配比的面粉或山药等可以产生黏性的材料。
荞麦面会渐渐流行起来，有一说是因为在江户时期于宿场向旅行者提供食宿的旅店，甲州（山梨县）的「旅笼」会提供荞麦面给旅客的。江户中期的尾张藩士天野信景，在其随笔集《塩尻》中就提到，荞麦切是从甲州开始的。
本来是去天目山参拜的人很多的时候，当地村民在旅笼将荞麦粉中混入少许米麦，做成食物给寄宿的旅客吃，后来他们学乌龙面一样的做法来切荞麦面团，就成了切荞麦了。
另外一个说法，则是江户时代初期，一个来到奈良东大寺的朝鲜僧人「元珍」，教日本人混合荞麦粉和面粉。
然后在宽文年间（1661～1673年），江户出现了荞麦面，不断推陈出新的江户菓子店推出了「蒸荞麦面」。荞麦面出现在喜欢新鲜事物的江户之后，就立刻造成了轰动，而原本在江户十分受到欢迎的乌龙面的风采也立刻被取代了。而当时为了与荞麦泥做区分，称之为「切荞麦」。
不过荞麦面之所以在江户会将乌龙面取而代之，还有一个说法是因为富含维生素B1的荞麦面能预防被称为「江户病」的脚气病。
一直以来，荞麦的原产地都被认为是在西伯利亚的贝加尔湖附近，而来到日本的途径则传说有二，一是经由朝鲜半岛，一是经由北海道，由北向南传遍日本。这个荞麦发源于贝加尔湖附近的「北方起源说」，是18世纪瑞士植物学家，著有《植物学基本理论》等书，而且其「自然战争」的概念启发了达尔文「物竞天择」原理的的奥古斯丁?彼拉姆斯?德堪多的理论。
不过这百年以来的荞麦「北方起源说」，却被1916年出生，已故的日本植物学者中尾佐助在其《栽培植物の起源》一书中强烈质疑。中尾佐助教授过世后，京都大学的大西近江教授为了贯彻中尾佐助教授的这个想法与解开荞麦起源地的疑问，于1990年的时候深入中国内地，在云南省海拔1000～2000公尺的高原研究和寻找，最后终于在该年的10月20日早上10点，发现了荞麦的原生种。
在此之后，从1990年到2006年之间，大西近江教授和他的团队又陆续自四川省和西藏东部也找到了荞麦的原生种。透过遗传学的分析，其起源地为怒江、澜沧江和金沙江的三江流域。后来他们四川省甘孜藏族自治州南部，青藏高原东南部稻城县的东义溪河谷，发现了当地野生的荞麦原生种，而确定了荞麦是从三江流域开始驯化和种植的。
根据大西教授的说法，荞麦由其发源地往三个不同路径传播出去。一个是从喜马拉雅山南面的不丹，通过尼泊尔，进入印度北部，再传到巴基斯坦。另一条则由发源地北上到了蒙古进入华北再经由朝鲜半岛传到日本。另外一支则在蒙古转西，经由丝路进入俄罗斯和乌克兰，然后抵达欧洲。而透过出土遗迹的花粉分析，最迟在三千年前的绳文时代晚期，荞麦这种作物就已经传到东日本了。
由于荞麦非常地耐寒，而且在贫瘠的土地上种植的荞麦又特别香，因此被视为最适合用来预防饥荒的作物。现在日本产量最大，品质最好的荞麦，也正是在北海道栽培的。
而根据记载自文武天皇元年（697年）至桓武天皇延历十年（791年）之间的历史大事的日本平安时代史书《续日本记》中的记载，养老六年（722年），由于稻米的生长不尽人意，为了预防饥荒的发生，因此元正天皇下令各地栽种荞麦。
到了奈良时代，又同样为了这个原因而种植荞麦。也因为这个历史背景，因此在关西，种植荞麦的农家供奉元正天皇为荞麦之神。不过，荞麦还还一直只是被当做救荒作物，不被列入五谷之中，只是山地农民的粗粮而已。
近江（滋贺县）的伊吹山附近被认为是日本种植荞麦的发源地，之后再传到山梨县与长野县的山区。
前文有提到，「切荞麦」之名首度出现在天正二年（1574）的《定胜寺文书》中。而「切荞麦」之名首度出现在江户，则是在庆长年间（1596～1615）的文献《慈性日记》中。
慈性是近江多贺神社的僧侣，为了听天台宗的佛教论义而来到江户。在他庆长十九年2月3日的日记中，有着他和江户的药书院与东光院朋友一同去公共浴池后回到常明寺，而且吃了切荞麦的一段文字。因此可以推论，早在庆长年间，江户已经出现切荞麦了。不过由于在江户出现荞麦面店之前，许多寺庙都会自己做切荞麦，因此当时要在寺庙中才吃得到。
定胜寺的木曾谷（长野县西南部）是荞麦产地。第一代尾张藩主德川义直在路过中山道要去日光东照宫的时候，于宽永13年（1636）4月4日于中山道的第33个宿场「贽川宿」，也就是现在长野县的塩尻市投宿。
随行的尾张藩儒医堀杏庵，在他的日记中记录了德川义直赐给他的切荞麦。他所记载的切荞麦是配着混合了味噌、萝卜绞出的汁、鲣节粉和葱蒜着沾汁吃的。从堀杏庵的日记我们可以得知，当时在关东的村庄就已经有在贩卖切荞麦了。而至于在江户，虽然有前面所提到的慈性于庆长年间在江户吃切荞麦的记录，但是却还没有专门卖荞麦面的店。
而到了宽永20年（1643），日本最早的食谱《料理物语》中，则首次出现了切荞麦的制作方式。
荞麦麵店出现在江户，最早的文献见于江户时代文政年间，幕府对江户各町的现况做调查所编纂而成的《江户町方书上》中。在文正12年（1829）所出版的《江户町方书上》里，记载了「正直荞麦」、「山中屋」、「太田屋」等三家江户宽永年间（1624年～1643年）所创立的荞麦面店。
其中的「正直荞麦」这个名字有个有趣的由来。其实「正直荞麦」本来叫做「伊势屋」，就开在浅草寺裡面。因为便宜又大碗，而让客人对这间店做出了「正直」这样的评价。不过它被称为正直荞麦还是一个重要的原因，那就是它不像其它店的荞麦面会混合面粉或其它原料，而是用百分之百的荞麦粉做的，也就是我们后文会谈的，又称为「十割荞麦」的「生荞麦」。
