1864年，太平天国走到穷途末路，湘军如洪水猛兽般冲入天京（今南京），展开长达三日的“地毯式搜查”，要将天国首府中的财物洗劫一空。尽管江湖传言洪秀全私藏“金银如海”，曾国藩还对湘军发出“所得财物一律充公”的铁令，但收获甚微。
曾国藩在给同治的奏报中声称：除了两方“伪玉玺”和一方金印，自己别无所获。同僚当然不信这套说辞，有大臣目睹其弟曾国荃一掷千金买笺纸，质疑这笔巨款从何而来。但同治对曾国藩还是很信任的，迅速下了一道“理解万岁”的批示，“你们从逆贼那里缴获的财物，朝廷不收。况且，朕已派人查明城内确无逆贼留下的宝库。”
曾国藩依然怀疑还有更多“漏网之财”，于是亲自审讯被俘的忠王李秀成。严刑逼问下，李秀成依然坚决否认，毕竟他们在天京陷落时打出的口号就是：绝不给妖军（太平军对清兵的蔑称）留半片烂布！
按太平天国的财产管理制度，所有公私财产必须统一集中到“圣库”，再由圣库统一配发生活必需品。私藏黄金一两或白银五两以上者，都要问斩。而李秀成在临刑前的供状中声称：“圣库制度”在天京事变后名存实亡，政权由洪氏嫡系掌控，圣库已成洪秀全的“私人钱庄”。
洪秀全入天京后便避居深宫，10年未出。没有他的亲许，任何人都不能进入天王府。如果他有私藏宝库，很可能就在天王府中。湘军入城后，曾国荃的部队最先进入天王府，搜查得很仔细，甚至抽干了后花园的湖水，连洪秀全的遗体都被刨出来焚尸扬灰。所以大家根本不信他没找到财物，传言他从地窖中挖到一个出自圆明园的翡翠西瓜，巧夺天工，价值连城。后来，为私吞财物、销毁证据，他放火烧了天王府。
清人笔记中言之凿凿地说，曾国藩的母亲曾带着两百多条船返回湖南老家，船上装满封锁严实的箱子，不能不让人怀疑那是他们私吞的财物。
但还有一种说法是，太平天国的宝库最终落入平民手中。生于赶驴世家的“蒋驴子”、生于磨豆腐世家的“王豆腐”，在咸丰年间一起投靠太平军，因善于养马而被李秀成赏识，偶然得知宝库的秘密，并在天京陷落时瓜分财物而逃。从此他们富甲江南，占据大量地皮，分别被称为“蒋半城”“王半城”。
除了洪秀全的宝库，太平天国还有另一个藏宝之谜。据载，翼王石达开所率太平军覆灭于大渡河前夕，将所有金银财宝埋在某个隐秘的地方，还留下一幅藏宝图，上有“面水靠山，宝藏其间”的字样。
抗日战争期间，国民党四川省主席刘湘为筹军资，曾秘密派出一千多个工兵前去探宝。他们在大渡河附近的山崖上凿了数日，忽然望见三个洞穴，每个洞口都被石条砌得严丝合缝。他们费尽力气挖开其中两个洞穴，里面却只有零星的铜钱和残缺的兵器。
他们准备开挖第三个洞穴时，国民政府派古生物学家马长肃前来干涉，故宫古物保护委员会也发来电报阻止，生怕他们不专业的手段破坏文物。不久，刘湘奉命出川抗日，探宝之事被迫中止。时过境迁，等有关人员再来探查时，这些洞穴已难寻踪迹。石达开究竟是否在此藏宝，成了历史悬案。
此外，重庆南川市鱼泉乡的太平山曾是石达开驻军之地，一块岩石上刻着“太平山”三个大字，遗址上挖出的青花瓷片等也确实是太平天国时期的东西，但毫无宝藏的影子。