从大致角度划分，明朝可以划分为两个阶段：作为全国性政权的明朝，和残余势力组成的南明。其中，作为全国性政权的明朝，共计出现过十六位皇帝。当下，北京著名的“十三陵”景点，就是明朝十三位皇帝的陵墓——这也是十三陵得名的原因之一。
那么，既然明朝有十六位皇帝，为什么在北京却只有十三座皇陵？这一切要从没被安葬在十三陵之内的三位帝王说起。
明太祖
明太祖建立明朝时期，大明朝的国都设在南京，大明朝建国当年，北京还在元顺帝手里，还属于大元朝的元大都。明军攻克元大都以后，北元势力曾多次努力准备夺回元大都乃至整个中国，由此，朱元璋为了拱卫明朝天下，又将北京及周围分封成“燕国”，而燕王正是后来著名的永乐帝。
朱元璋从始至终都在南京做皇帝，去世后其陵墓被安置在南京，因此明太祖的陵寝不在十三陵的范围之内。
建文帝
朱元璋死后，皇位由太孙朱允炆继承——即建文帝。建文帝在位只有四年时间，就被燕王朱棣发动叛乱推翻。在混乱中，建文帝下落不明。从后续朱棣的反应来看，可以确定建文帝并非死于朱棣之手，但朱棣也不确定建文帝究竟是否逃出生天。
建文帝失踪后，从南京皇宫中找到两具烧焦的尸体，朱棣坚持认为这是建文帝夫妇的尸体，并按照皇帝礼仪安葬建文帝后的尸体。不过，当朱棣坐稳皇位以后，宣布废除建文年号，将建文时代的纪年，改用洪武纪年——即法理上否定建文朝廷的合法性。而也因此，建文帝的陵墓也随之成为无人管理的孤坟，到明末，已经没人说得出建文帝的陵墓到底在哪了。
景泰帝
朱棣的重孙明英宗在位期间，蒙古瓦剌部首领也先有雄心壮志，决心恢复元朝对中原的统治，而明英宗则自诩神武，于是御驾亲征瓦剌。不谙兵事的明英宗哪里斗得过老谋深算的也先？最终明英宗被瓦剌军活捉，明朝精锐部队也一度被全歼。
明朝朝廷很快拥立明英宗的弟弟做皇帝，是为景泰帝。景泰朝廷打退了瓦剌军的进攻，数年后，瓦剌释放明英宗返回中原。之后，景泰帝在位的第八个年头，景泰帝病重，明英宗在部分大臣的拥护下发动夺门之变，重新登基。
明英宗登基后宣布废黜景泰帝皇帝称号，景泰帝帝号被废，自然不能按照皇帝规格下葬，因此，十三陵里没有景泰帝的陵墓。