所谓“脂评本《红楼梦》的两个版本系统”，存在两种不同的含义：
《红楼梦》电视剧片头
一种是指以《石头记》命名的版本系统与以《红楼梦》命名的版本系统的区分，前者如甲戌本、己卯本、庚辰本、蒙府本、戚序本、俄藏本等，后者如甲辰本、舒序本等。
以《石头记》与《红楼梦》的命名不同来区分脂评本，并进而主张各自有不同的源头，为部分红学研究者所主张。但根据本人对脂评本的初步研究，发现这种分类方法缺乏足够的证据支持，也不具有实际的学术价值。
拿舒序本与甲辰本而言，虽两者都名为《红楼梦》，但两者却缺乏共同的关键性异文。与甲辰本《红楼梦》比，舒序本显然与俄藏本《石头记》关系更为密切。
另一种是指甲戌本《石头记》与甲戌本以外的其它脂评本的区分。本文是在后一种意义上使用“脂评本《红楼梦》的两个版本系统”。这种区分有助于我们厘清各个脂评本的真伪及其文本的可靠性，具有十分重要的学术研究价值。
康生赠俞平伯《乾隆甲戌脂砚斋重评石头记》
根据对各个脂评本的初步研究，本文初步得出如下结论：
在各个脂评本中，只有甲戌本直接源自于脂砚斋本人的抄本，而其它的脂评本皆源自于第三人在脂砚斋抄本基础上改写过的本子。
本文得出这一结论的依据是甲戌本之外的脂评本，经常有一些共同的异文，这些异文，有些单独看似乎有合理性，但若系统性看，则又存在显著的不合逻辑的问题；有些则艺术性显著不如甲戌本文字。
如果这类文字属于曹雪芹或者脂砚斋本人所为，则无法解释为啥会把好文字改成差文字。最合理的解释，就是另有他人在脂砚斋抄本的基础上做了自己的修改。下面重点以第五回为例来加以简要论证。
年画《贾宝玉神游太虚境》
《红楼梦》第五回，各个脂评本在回目上和结尾部分皆存在显著差异。对这些差异进行学术分析，有助于帮助我们揭开脂评本的神秘面纱。
先看第五回的结尾部分。第五回的结尾分为非常明显的两个版本系统：甲戌本是一个单独类型，而其它脂评本是一个类型。那么，这两个版本系统哪一个才是曹雪芹的文笔的呢？先来看看各自的内容：
甲戌本《石头记》的结尾部分内容：
冷枚绘《神游太虚境》
“
说毕，便秘授以云雨之事，推宝玉入账，那宝玉恍恍惚惚依警幻所嘱之言，未免有阳台巫峡之会。
数日来，柔情绻缱，软语温存，与可卿难解难分。那日警幻携宝玉、可卿闲游至一个所在，但见荆榛遍地，虎狼同群，忽尔大河阻路，黑水淌洋，又无桥梁可通。宝玉正在彷徨，只听警幻道：“宝玉再休前进，作速回头要紧。”宝玉忙止步，问道：“此系何处？”警幻道：“此即迷津也。深有万丈，遥亘千里，中无舟楫可通，只有一个木筏，乃木居士掌柁，灰侍者撑篙，不受金银之谢，但遇有缘者渡之。尔今偶游至此，如堕落其中，则深负我从前一番以情悟道、守理衷情之言。”宝玉方欲回言，只听迷津内水响如雷，竟有一夜叉般怪物蹿出，直扑而来，唬得宝玉汗下如雨，一面失声喊叫：“可卿救我！可卿救我！”慌得袭人、媚人等上来扶起，拉手说：“宝玉别怕，我们在这里。”
秦氏在外听见，连忙进来，一面说：“丫鬟们，好生看着猫儿狗儿打架。”又闻宝玉口中连叫“可卿救我”，因纳闷道：“我的小名这里没人知道，他如何从梦里叫出来。”
任率英绘《宝玉神游太虚境》
再看看庚辰本、戚序本等另一个版本系统的结尾部分内容。尽管除甲戌本以外的各脂评本，文字上略有细小出入，但无实质性区别，下面就以人文社2008年第三版《红楼梦》文字为准：
“
说毕，便秘授以云雨之事， 推宝玉入房，将门掩上自去。那宝玉恍恍惚惚，依警幻所嘱之言，未免有儿女之事，难以尽述。
至次日，便柔情缱绻，软语温存，与可卿难解难分。 因二人携手出去游玩之时，忽至一个所在，但见荆榛遍地，虎狼同群，迎面一道黑溪阻路，并无桥梁可通。正在犹豫之间，忽见警幻后面追来，告道：“快休前进，作速回头要紧！”宝玉忙止步问道：“此系何处？”警幻道：“此即迷津也。深有万丈，遥亘千里，中无舟楫可通，只有一个木筏，乃木居士掌舵，灰侍者撑篙，不受金银之谢，但遇有缘者渡之。尔今偶游至此，设如堕落其中，则深负我从前谆谆警戒之语矣。”话犹未了，只听迷津内水响如雷，竟有许多夜叉海鬼将宝玉拖将下去。吓得宝玉汗下如雨，一面失声喊叫：“可卿救我！” 吓得袭人辈众丫鬟忙上来搂住，叫：“宝玉别怕，我们在这里！”
却说秦氏正在房外嘱咐小丫头们好生看着猫儿狗儿打架，忽听宝玉在梦中唤他的小名，因纳闷道：“我的小名这里从没人知道的，他如何知道，在梦里叫出来？”
程乙本插图贾宝玉游太虚幻境
通过对比可以发现，庚辰本、戚序本等这个脂评本系统的文字是在甲戌本基础上修改而成，其整体上保留了甲戌本的叙述格式，但具体文字部分又做了多处替换。