陈遇接受征聘之后，朱元璋与他进行了交谈。
交谈的结果，朱元璋很是高兴，他高度肯定陈遇的见识与才学。
于是，朱元璋便委任陈遇管理军务，并让他出谋划策。
此后，朱元璋还会前往陈遇的居第，向他咨询机密事宜。
因觉陈遇可用，朱元璋授职陈遇为供奉司丞。
对此，陈遇辞让，并没有接受。
洪武初期，朱元璋曾向陈遇询问保国安民之计。
对此，陈遇上陈建议，他道是：
以不嗜杀人，薄敛，任贤，复先王礼乐为首务。
细看陈遇的建议，可以知道：
第一，大约，陈遇对朱元璋的个性是谙熟的。所以，在陈遇的建议中，他认为，必须推行的要务之中，第一件对策便是：不可嗜杀。不嗜杀，很多无辜的民众才有生存的机会。
第二，元末战乱，生灵涂炭、民生凋敝；那么，恢复养元、培植根基、使民众脱于苦难的良策，当然莫过于轻徭薄赋。
第三，政权建立，社会治理，没有人才，一切都是空谈；所以，任用贤才，乃是为政的根本。
第四，社会的安稳、秩序的井然，从历史的经验中，可以知道，恢复先王的礼乐，肯定是最重要的途径。
陈遇所述首务，凡对中国历史了解的人，都十分清楚：
这不但适合大明江山建立初期的政治需要；而且，这也几乎适用于一切社会的兴旺与发达。
这里，稍作延伸，在其他社会中，陈遇所陈述的首务，可变通如下：
第一，保证民众的基本生存权；
第二，减轻一切苛捐杂税；
第三，注重人才培养与人才的任用；
第四，培养民众的文明素养、提高民众的精神生活质量。
朱元璋登基之后，授职陈遇为翰林学士，陈遇辞谢不任。
此后，朱元璋给陈遇的特殊待遇是：
赐予陈遇肩舆，并安排校尉十人，抬着陈遇的肩舆，出入宫禁。
后来，朱元璋又除授陈遇中书左丞之职，陈遇坚决辞谢，不予就任。
当日，朱元璋御驾华盖殿，召陈遇入内，赐其就坐，命他草拟平西诏。
书成之后，朱元璋极度喜悦，当即赐宴，并赏陈遇金银、缎匹、衣服等物。
同时，朱元璋还除授陈遇礼部侍郎兼弘文馆大学士，陈遇又辞谢不就。
随后，朱元璋又授予陈遇太常卿（正三品）之职，陈遇仍然辞谢，不肯接受。
陈遇生病之后，朱元璋亲赐药物，还命令太医院的医官前去医治。期间，朱元璋钦赐陈遇褥被、粥米等物事。
陈遇病愈之后，朱元璋又授予他礼部尚书（正二品）之职，陈遇又坚决辞谢，未曾接任。
朱元璋驻跸奉天门，召陈遇入内，命其就坐，询问典章故事。当时，正值炎暑天气。看到陈遇受热，朱元璋赐他纱衣，命令內侍引领他入内澡沐，并赐宴。期间，朱元璋命令陈遇的儿子充任宿卫，陈遇继续辞谢，没有领受。
陈遇在朱元璋跟前所蒙受的厚待与赏赐，当时的公卿大夫之中，没有人可与其比拟、没有人曾经得到过同样的恩宠优遇。
其后，陈遇的病情再次发作，朱元璋还是命令太医院的医官前往医治。但是，这一次，陈遇未能痊愈，不幸逝世。
陈遇去世之后，朱元璋再三哀悼，赐予棺木、麻布、米钞等葬祭，并赐葬钟山。
当日，朱元璋在面对陈遇时，语必称“先生”，或呼为“君子”。（可参见《明史》卷一百三十五·列传第二十三《陈遇传》）
有人说，陈遇不做朱明朝廷的官，是因为他生在元朝；虽然他没有在蒙元朝廷做过行政官员，但是，他还是不愿意背弃元朝。
这完全是头巾语！
以君臣之道论定陈遇的行为，实在是牵强附会！
有人说，陈遇不接受朱元璋除授的官爵，是因为朱元璋威严、很难伺候（说白了，就是残忍嗜杀），所以，他不担任朱元璋治下的高官。
这话，多少说到了点子上！
但是，还嫌不足。
因为，在多少有些猜忌多疑的朱元璋眼中，陈遇的不仕，是真切的、是真实的，是没有破绽、是无法怀疑的。如果仅仅是惧怕朱元璋的威严而不做官，猜想，以朱元璋眼力，他肯定是会看得出的。试问，如果朱元璋看穿之后，他可能不会有所动作吗？
关于这一点，明人沈德符在其《万历野获编》卷十五《科场?孙蕡陈遇》中曾经提及：
当时的著名词臣刘基（青田）被毒死；宋濂（金华）忧惧而死；只有陈遇免于祸患。当日，朱元璋与陈遇的造膝之语，没有一句流传于世。以上种种，皆可见陈遇品德之崇高、见识之卓远。
沈德符的这一论述，基本精当。
其实，陈遇只做事不做官的行为，就载记所述其行事而言，大约如下：
一、或如朱元璋评价陈遇时所说：
士之有志节者，功名不足以介意。
这种精神高度，不但常人难以理解，而且会被趋炎附势、垂涎权势名位者讥嘲为虚假、作伪。
二、陈遇的高节，或许是其做人的准则。所谓有所为，有所不为。他能够坚持自己的准则，自始至终，未曾改易。
关于这一点，后来者大可不必将其攀扯到忠臣孝子的话头上去。
朱棣夺权一事，不论别的，仅从旧时社会所遵从的道义上来说，他对国就是不忠，对父就是不孝；朱棣诛杀朱元璋、建文帝的忠臣，还要自己臣子对他忠诚，这本身就是个笑话、也是莫大的讽刺；朱棣之后，大明王朝再宣扬忠节，就是不断地在打自己先人的脸。
三、猜想，以陈遇的高品与卓识，他对朱元璋的性情与为人也是看得十分清楚的。他不做朱元璋朝廷的官，应该是出于真心诚意的。这种真心诚意，让心怀鬼胎的朱元璋非常放心。所以，朱元璋对他恩宠，是不需要夹杂戒心的，所以，陈遇能够善始善终。
