明朝的灭亡其实与北宋极为相似，明朝面对蒙古没有灭国，北宋面对辽国同样没有灭国，反倒是崛起于东北的金国和满清灭亡了北宋和明朝，那么为何会造成这种情况呢？其实就是四个字“时也命也”。元朝败退草原后并非没有反扑的实力，然而当时的明朝同样极为强悍，当明朝开始衰落时，北元也陷入了内忧外患之中，正是由于两者的同时衰弱，这才给了满清可趁之机。
明末局势
蒙古实力残存之时明朝亦较为强大，根本毫无南下可能
至正二十八年（1368年），面对明军的北伐，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔率领残余势力撤往上都，就此终结了蒙古统治中原的时代。由于蒙古是主动撤退，因而依旧保留了相当的实力，且与高丽、畏兀儿等依旧保持着联系，因此明初朱元璋多次派兵北伐清剿。
明初的北元还具有一定实力
洪武二十一年（1388年），名将蓝玉率十五万大军在捕鱼儿海大败脱古思帖木儿，脱古思帖木儿与儿子天保奴和丞相失烈门等人也被部将所杀，黄金家族就此彻底丧失了在蒙古人心目中至高无上的地位，此后大多数蒙古部落开始脱离统治。
此后，蒙古分裂为鞑靼和瓦剌两部，黄金家族后裔孛儿只斤·本雅失里虽是鞑靼可汗，但大权却掌握在太师阿鲁台手中。瓦剌作为黄金家族的姻亲，其统治着蒙古草原西部地区，与东部的鞑靼争斗不休，但却相对处于劣势。
朱棣五次北伐后瓦剌趁机崛起
为了解决北元威胁，朱棣从永乐八年（1410年）开始，先后五次率兵亲征，直接重挫实力强大的鞑靼。到了仁宣年间，由于连续出兵自身损耗过大，明朝开始从战略进攻转入战略防守，而瓦剌则趁着明朝战略收缩，鞑靼遭受重创的机会趁机崛起。
正统十四年（1449年），瓦剌太师也先南侵制造“土木堡之变”，俘虏明英宗朱祁镇，明朝遭遇立国以来最大危局，然而由于此时明朝正处于巅峰，也先在北京保卫战中受挫后，被迫与明廷议和，而这也成为了元朝败退之后对明朝造成的唯一一次重大威胁。
也先
瓦剌强势崛起后虽然也曾短暂统治蒙古草原，但正是由于这次南侵失败，以及也先僭越自立可汗和与明朝议和，使得原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立，而也先本人也在景泰四年（1453年）被暗杀，瓦剌就此实力大损，蒙古草原再度陷入分裂。
蒙古虽然在成化年间短暂中兴，但长期分裂的他们无力南下
瓦剌的迅速衰落使得蒙古草原再度陷入混乱，而黄金家族后裔则在内乱之中不断进行着重新整合。成化三年（1467年），成吉思汗第27代继承人孛儿只斤·满都鲁在战争中去世，孛儿只斤·巴图孟克在满都海赛音可敦的支持下于成化六年（1470年）继承汗位，尊号达延汗。
达延汗
之后，达延汗在满都海赛音的支持下不仅稳固了统治，而且彻底将瓦剌赶出了蒙古中部地区，使得黄金家族重新成为了草原统治者。达延汗在位37年，先后征服亦思马因、火筛、亦卜剌，统一漠南蒙古，再加上一系列卓有成效的改革，使得蒙古短暂中兴。不过，达延汗忙于整顿内部，还无力南下侵略。
然而，蒙古的这次短暂中兴随着达延汗的去世随即告终，此后虽然达延汗的子孙仍然能够顺利继承汗位，但蒙古各部却实际上已经是半独立状态。
蒙古在达延汗之后再度分裂
由于明朝经略辽东的失误，从明隆庆四年（1570年）开始，女真在时任明建州部首领努尔哈赤的率领下开始逐渐崛起，努尔哈赤先是相继兼并女真各部，初步实行了女真各部的统一，最终在明万历四十四年（1616）建立后金政权。
蒙古被后金分化蚕食，终成明朝灭亡之巨患
后金政权建立之后，努尔哈赤一方面积极反抗明朝在辽东的统治，另一方面则利用蒙古分裂的局面，对其进行分化蚕食，科尔沁部、扎鲁特部先后通过联姻与后金建立联盟。库图克图汗看出后金的野心后，先后派兵收复右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，并与喀尔喀部却图汗结为联盟，一时间倒也稳住了局势。
皇太极
崇祯元年（1628年），兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、鄂尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部为了摆脱库图克图汗，结成联盟公然与其对抗，并在召城一战中，消灭库图克图汗精锐四万余人，使得蒙古可汗实力大为削弱。
此战之后，土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免库图克图汗的报复，就此倒向后金。此举直接导致库图克图汗就此陷入孤立无援的境地，面对后金和蒙古各部联军的多次进攻，他只能被迫退出西拉木伦河流域，迁至归化城（今呼和浩特）固守。
崇祯五年（1632年）4月，皇太极会集蒙古各部，再次率领大军西进，面对远胜自己的敌军，库图克图汗只能率领人畜十余万西渡黄河逃窜，大势已去的局面下，部众大部逃散，库图克图汗逃至青海，两年后在打草滩病逝。