玛丽和博思韦尔伯爵詹姆斯·赫本的确切关系尚不清楚。两人早在1565年就有了政治联系，并且在之后两人的关系更加密切。在玛丽看来，伯爵具备达恩利所不具备的一切——他既大胆又聪明。当然，他是杀害达恩利的头号嫌疑犯。
玛丽的敌人抓住了她和博思韦尔的密切关系，尤其是因为他已经是一个已婚男子。当玛丽和博思韦尔在1567年5月15日结婚时，他仍然和吉恩·戈登女士是在婚状态。据女王的秘书克劳德·诺(Claude Nau)说，博思韦尔在结婚时就告诉玛丽他已经离婚了，或者正在办理离婚手续(基于血缘关系)。然而，玛丽声称博思韦尔绑架了她，把她带到邓巴那里，强迫他们结婚。1567年6月15日：玛丽的新婚招来了贵族的敌意
1567年夏天，苏格兰女王玛丽和博思韦尔伯爵詹姆斯·赫本的婚姻使苏格兰陷入了动荡。新教和天主教贵族都指责博思韦尔篡夺王位。1567年6月15日，玛丽和博思韦尔在卡伯里山面对一群贵族的对峙，而最后，玛丽用投降换取了博思韦尔的流亡 。
在卡伯里山事件之后，博思韦尔和玛丽再也没有见过面。博思韦尔在接下来的几个星期里试图为他的事业争取支持，但很快就被宣布为非法分子。在看到自己被悬赏缉拿他的人头后，博思韦尔逃到了苏格兰的最北部，然后前往丹麦，最后被国王腓特烈二世囚禁。1573年，博思韦尔被单独监禁，在那里他慢慢开始疯了。1567年7月24日：玛丽把王位传给她的儿子，然后离开了
玛丽在卡伯里山投降后，被带到爱丁堡。1567年6月，玛丽被关在利文湖城堡。7月24日，她被强行退位，将王位传给了尚在襁褓中的儿子詹姆斯六世国王。
考虑到詹姆斯的年龄，前女王的同父异母的兄弟马里伯爵詹姆斯·斯图尔特以摄政王的身份，统治着苏格兰。玛丽将退位文件交给了他同父异母的妹妹，由罗伯特·梅尔维尔勋爵、帕特里克·林赛勋爵和威廉·鲁斯温勋爵进行了转交。据一些人说，琳赛和鲁斯温对玛丽非常严厉，而梅尔维尔则同情玛丽，并敦促女王为了她的安全签署退位令。
玛丽在利文湖呆了将近一年。在怀孕的头几个月里，她流产了，失去了一对双胞胎。而这可能发生在玛丽退位之前，可能的原因是由于治疗和生活条件差。1568年5月2日至13日：玛丽试图夺回王位，但并不顺利
从她在利文湖的第一天开始，玛丽和她的支持者就计划帮助她逃跑。1567年7月，詹姆斯·梅尔维尔勋爵向玛丽下达退位令时，可能就提出过这一点。
到达利文湖城堡十一个月后，玛丽逃走了。在利文湖时，玛丽是在威廉·道格拉斯爵士的监视下生活的。然而，威廉爵士的弟弟乔治·道格拉斯是玛丽坚定的支持者，并对她的遭遇感到震惊。1568年3月，他设计了利文湖的出口。3月25日，定期访问利文湖的洗衣女工把她的衣服送给了玛丽，并互换了位置。王后蒙上脸，把脏的床单拿到床上，等待洗衣女来。然后玛丽差点就成功逃脱了，这是因为船上的一个男人注意到了她那双白皙的手，暴露了她的真实身份。乔治·道格拉斯和他的堂兄威利·道格拉斯，阴谋的策划者，因此被驱逐出城堡。
威利·道格拉斯之后得以重新获得威廉爵士的青睐，并最终回到利文湖。并且他和乔治的交流还在继续，他们制定了一个计划，让威利拿到钥匙，救出玛丽。在1568年5月2日的晚宴上，威利从醉醺醺、神志不清的威廉爵士手中拿走钥匙，并向玛丽和她的随从示意该走了。他们走向码头等着他们的一条船。一上船，威利和道格拉斯就把玛丽带到了汇合点，在那里，乔治、道格拉斯、玛丽的仆人约翰、贝顿和其他几个支持者都等在那里。
玛丽很快加入了由6000多名贵族，神职人员和平民组成的队伍，并准备为女王而战。1568年5月13日，玛丽的军队在兰赛德(现在是格拉斯哥的一部分)与詹姆斯·马里领导的苏格兰新教军队对峙。但不幸的是，苏格兰女王的手下并不是对方的对手，新教徒在一小时内击溃了玛丽的军队。1568年5月16日：玛丽向伊丽莎白女王寻求庇护
战败后，玛丽“前所未有地失去了勇气”，逃离了战场，向南方进发。这位前苏格兰女王最初希望在法国寻求庇护。然而，即使她能够到达法国，她在那里的地位也并不显赫，并且在宫廷也不受欢迎。
1568年5月16日，玛丽越境进入英国，向她的堂姐伊丽莎白一世女王寻求庇护。尽管伊丽莎白并不喜欢玛丽，但凯瑟琳·德·美第奇还是代表她写信给伊丽莎白，恳求女王“善待玛丽”。
玛丽抵达英格兰后，重新点燃了两位女王之间的紧张关系。玛丽希望从她的堂姐那里得到安全和保障，但她立即遭到了怀疑。在约克郡的一次会议上，马里伯爵称玛丽是杀害她第二任丈夫亨利·斯图亚特勋爵的帮凶。伊丽莎白随即监督了该案件的诉讼程序，但玛丽作为一个独立的君主，拒绝回答。因此玛丽回到了苏格兰，但是被拘留的状态。1568-1585年：玛丽参与了多次推翻伊丽莎白女王的阴谋
玛丽在英国的新生活充满了挑战。许多反对伊丽莎白的阴谋浮出水面，其中许多与玛丽有关，或似乎与玛丽有关。由于名誉受损，玛丽在她19年的英国生活中，一直受到监视。
1571年的利多菲阴谋，涉及西班牙国王菲利普二世、教皇、西班牙驻英国大使和几个英国人，还有玛丽。该计划以罗伯托·里多尔菲的名字命名，他是佛罗伦萨的银行家，负责在主要参与者之间传递消息。该计划的总体计划是推翻伊丽莎白，让玛丽登上英国王位。
